בספר הוא מביא פסקי הלכה ועדויות מחכמים רבים, מימי הראשונים ועד אחרוני דורו, הסבורים שאפשר לשרטט בימינו את המתחם המותר לכניסה להר. הרב היה סבור גם שאפשר לסמוך על מחקרים הקובעים מה היה שטח הר הבית הקדום, שאסור להיכנס אליו, והיכן נמצאות בלי ספק תוספות מאוחרות, שמותר לצעוד בהן.
כאמור, להלכה סבר הרב כהן שהדבר אפשרי; אולם למעשה הוא האמין שההכרעה בשאלה צריכה להינתן בידי מועצת הרבנות הראשית. לדבריו, בשאלה עמוקה וכבדת משקל כזו, רק הרבנות הראשית יכולה להכריע. בהיותו חבר המועצה הוא נאבק בכל כוחו לשם התרת העלייה למקומות המותרים על הר הבית. בשנת תש"ס (2000) הקימה הרבנות הראשית ועדה למימוש זכות עם ישראל על הר הבית, שמנתה שישה חברים, ובה ניסה הרב כהן להוביל מהלך שיתיר עלייה להר. הדבר לא עלה בידו, ומשלא הכריעה הרבנות כדעתו, הוא הכיר בסמכותה.
עם זאת, הקמת הוועדה המיוחדת ביטלה לפי הרב את האיסור הגורף בנושא, משום שפתחה פתח לבירורו היסודי. אף שבפועל הוועדה לא התכנסה כמעט, מעת שהוקמה סבר הרב שהעולה להר הבית על דעת רבותיו אינו עובר על איסור.
יתרה מכך. הרבה לפני הקמת הוועדה, לצד פעילותו התורנית והמדינית למען התרת העלייה למקומות המותרים לשיטתו בהר, הוא פעל להקמת בית כנסת במקום הקדוש. לדעתו, זהו הצעד המעשי היחיד שיוכל לבטא את הריבונות הישראלית שם. גם לכך קיווה לגייס הסכמה רבנית, מדינית ובין־דתית. בחזונו ראה את היהודים מתפללים על ההר בבית כנסת, ולצידם המוסלמים. העובדה שהמוסלמים מונעים מיהודים להתפלל על ההר הייתה קשה וחמורה בעיניו, והוא הביא מקורות היסטוריים המוכיחים שהיה לכך תקדים, וכי בתקופת השלטון המוסלמי בארץ ישראל היו זמנים שבהם היה בית כנסת לצד המסגד. ייתכן שתקדים העבר גרם לרב כהן לקוות שהדבר יתאפשר.
בשנת תש"ם (1980) הצליח הרב לגייס תמיכה רבנית ניכרת למהלך, כשחתם עם כמה מחשובי רבני ישראל, בהם הרב יוסף קאפח והרב יהודה עמיטל וייבדל לחיים הרב דב ליאור, על קריאה לרבנות הראשית לקבוע את המקומות המותרים לכניסה בהר לשם קביעת מקום תפילה ליהודים במקום. גם הרב מרדכי אליהו הציע במכתב "לבנות בית כנסת ומקום לתורה ולתפילה, בשטח המותר להיכנס אליו". הרב גורן היה גם הוא שותף לרעיון. המקום שבו הם ביקשו לבנות את בית הכנסת היה סמוך לשער המוגרבים.
בשנותיו האחרונות ניצל הרב את מעמדו הציבורי למאבק בכל תוקף בניסיונות מבית ומחוץ לפגוע בריבונות ישראל בהר הבית. בכל פעם שהתעורר והתקדם תהליך מדיני שעסק בלב ירושלים, היה הרב כהן מנסה בכל כוחו למחות על הסכנה בפנייה למועצת הרבנות, לראש הממשלה ולגורמים מדיניים. כך נהג לקראת ועידת קמפ דיוויד בשנת תש"ס (2000), ולקראת ועידת אנאפוליס בשנת תשס"ח (2008). עדויות למאבקיו ותשובות הגורמים המדיניים והתורניים לדרישותיו מפורטות בספר.
הרב ידידיה הכהן הוא עורך שותף של הספר "ובאת שמה", עם הרב שי הירש
