הקשר הירדני להר הבית מתחיל במה שהירדנים מכנים "השיפוץ ההאשמי הראשון". חוסיין בן עלי, מייסד השושלת ההאשמית הקבור כיום בצמוד לשער הברזל בהר הבית, היה השריף של מכה, ובתום מלחמת העולם השנייה הוכתר למלך החג'אז. בראשית 1924, בשנה שהכריז על עצמו כח'ליף, ביקר בעבר הירדן, ולאחר ביקורו החליט להשקיע בשיפוצם ובחיזוקם של המבנים המוסלמיים בהר הבית. הוא תרם 24 אלף לירות זהב לחיזוק מסגד אל־אקצה.
השיפוצים הללו נמשכו עד סוף העשור. מלאכת החיזוק, אגב, לא הועילה מאוד, ולא מנעה מהמסגד להיפגע קשות ברעידות האדמה של 1927 ו־1937. בעקבות זאת, בשנות הארבעים, יזם הווקף המוסלמי – בגיבוי הבריטים ובמעורבות המלך פארוק ממצרים – שיפוצים נוספים בהר. קבלני השיפוצים פעלו בפיקוחו של מהנדס יהודי, יונס רוזן, שמאבטח ממשפחת חוסייני ליווה אותו כדי לשמור על שלומו, כפי שסיפר עמוס בן־ורד בהארץ בכתבה "היהודי ששיקם את מסגד אל־אקצה" (12 באוגוסט 1960). חלק מקורות העץ המושלכות עד היום מצפון לשער הרחמים הוצאו מתקרת מסגד אל־אקצה בשיפוץ הזה שלאחר רעידת האדמה.
השיפוץ הירדני השני בהר נערך בין 1956 ל־1966, ועלות העבודות הירדניות בשנים ההן מוערכת ב־46 מיליון דולר. הקירות החיצוניים והפנימיים במסגד אל־אקצה שוקמו, הותקנו עמודי שיש לארבעת המסדרונות, חלונות ויטראז' הותקנו, התקרה חודשה ועוד. בכיפת הסלע הותקנה כיפה חיצונית העשויה אלומיניום בצבע זהוב, אריחי שיש הותקנו לקירות הפנים והחוץ והפסיפסים בהם שוקמו, האריחים החיצוניים שוחזרו ועוטרו בפסוקי קוראן, יסודות הפתחים של כיפת הסלע חוזקו ותוקנה רצפת הרמה המוגבהת של הכיפה, וכן שופץ והורחב השביל בין שער השבטים למזרח הר הבית, בואכה העלייה לרמה המוגבהת. שאר חלקי מזרח הר הבית נשארו מוזנחים לאורך כל שנות השלטון הירדני.
בסוף השיפוץ נעשה אף ניסיון להעביר את כיפת השלשלת לאזור צפון מזרח הרמה המוגבהת מחשש שכיפת השלשלת תקרוס ותפגע במבנה כיפת הסלע. בסופו של דבר ההעברה לא יצאה אל הפועל, אך במשך שנים רבות נותר סימן עגול בקוטר כיפת השלשלת בצפון־מזרח הרמה. רק אחרי הסכם השלום עם מצרים בשנת 1979 הגיעו מהנדסים מצרים ותיקנו את הרצפה במקום.
אבל הקשר הירדני להר הבית לא ניתק גם אחרי מלחמת ששת הימים. עוד במהלך המלחמה הוחלט שאין לפגוע במקומות הקדושים בירושלים, ומודיעין פיקוד המרכז הכין עזרים המסמנים את המקומות הקדושים לידיעת הכוחות בשטח. החיילים הוזהרו ביותר שלא לפגוע באף אחד מהם. בהמשך כידוע העבירה המדינה את האחריות המנהלתית על הר הבית לידי הווקף הירדני.
במידה רבה הוא ממשיך לשלוט שם גם היום. למשל, כאשר קבוצת תיירים עולה להר הבית לסיור, ואחד מחברי הקבוצה חש ברע ומתעלף, כוחות מגן דוד אדום אינם יכולים לחוש לעזרתו. לווקף בהר הבית יש חובשים ואנשי רפואה שמוקפצים לטפל בו, ובמקביל שוטרים ישראלים מגיעים לאבטח את הזירה. לאחר מכן מביא הווקף רכב פינוי ומפנה את החולה בהדרכת המשטרה אל שער השלשלת – ורק שם הוא יעבור לאמבולנס של מד"א. מדוע מד"א אינם יכולים להיכנס להר ולתת טיפול ישיר לפצוע? כי הסמכות המנהלתית האזרחית בהר היא של הווקף הירדני בלבד.
הקשר הירדני להר נמשך גם בעבודות שיפוצים לאחר המלחמה. בקיץ 1969 הצית את מסגד אל־אקצה תייר אוסטרלי נוצרי לוקה בנפשו, וגרם לנזק רב. בין השאר נשרף כליל "מינבר צאלח א־דין", דוכן תפילה עתיק שהביא למסגד המצביא המוסלמי כשכבש את ירושלים בשנת 1187. בעקבות ההצתה החלו הירדנים בשיפוץ נרחב בהר הבית: המלך חוסיין תרם 8.25 מיליון דינר לשיפוץ המסגד, הביא להתקנת ציוד התראה וכיבוי אש במסגד ובכיפת הסלע, והשקיע רבות בשחזור הדוכן שנשרף.
בחסות משאיות הציוד שהובאו למקום וללא שום רשות מעיריית ירושלים, החל הווקף לקראת סוף שנות השבעים בעבודות גינון, שתילת עצים וריצוף במזרח הר הבית המוזנח, בעיקר כדי למנוע כל סיכוי ישראלי לחפור במקום ולאתר ממצאים ארכיאולוגיים במקום המקדש. בתחילת שנות התשעים החליפו הירדנים את לוחות כיפת הזהב מלוחות אלומיניום מוזהבים ללוחות זהב.
