מדו"ח מודיעין שהעבירה ישראל לארצות הברית, מסתמנת מעורבות אישית של עובדי אונר"א באירועי הזוועות של ה-7 באוקטובר.
על פי דיווח בניו יורק טיימס, אחד מעובדי אונר"א, החשוד במעורבות בטבח ב-7 באוקטובר, חטף אישה ולאחר מכן השתתף בטבח באחד הקיבוצים בעוטף עזה. עובד נוסף באונר"א חילק תחמושת למחבלים שביצעו את הזוועות. בסך הכל השתתפו במתקפה 12 מעובדי הסוכנות, ובישראל טוענים כי עשרה מהם הם פעילי חמאס ואחד פעיל הג'יהאד האסלאמי.
שבעה מהעובדים שהיו מעורבים במתקפה הם מורים בבתי ספר של אונר"א. הניו יורק טיימס הצליח לחשוף את זהותו של אחד מהעובדים שהשתתפו בטבח, המשמש מנהל מחסן של סוכנות הסעד לפליטים פלסטינים. כתוצאה מהחשיפה של מעורבות אונר"א ברצח, הקפיאו ארה"ב ומדינות אירופה את העברת המימון שלהן לסוכנות.
במשרדו של אבו מאזן זועמים על ההחלטה של מרבית המדינות התורמות לאונר"א להפסיק את תרומתן, ואמרו כי "אנו דוחים את הקמפיין הלא צודק שמובילה ממשלת הכיבוש נגד אונר"א, שמטרתה לחסל את סוגיית הפליטים". בהודעה מטעם משרדו נאמר כי "קראנו למדינות שנקטו עמדה לגבי אונר"א לבטל את עמדתן כי היא מהווה עונש למיליוני עמנו".
שר החוץ הירדני, אימאן אל-ספדי, הדגיש אמש (א') את חשיבות התפקיד שמילאה סוכנות הסעד והעבודות של האו"ם לפליטים פלסטינים: "יותר משני מיליון פלסטינים בעזה לא צריכים להיענש קולקטיבית על סמך האשמות נגד 12 עובדי אונר"א".
