ביום חמישי שעבר נערך דיון בוועדת הפטור באגף החשב הכללי שבמשרד האוצר, בעקבות פנייה שהגיעה מהמשרד לשירותי דת. בפנייה ביקש המשרד לחתום על חוזה התקשרות עם עמותת "חברה קדישא גחש"א ראשון לציון והמרכז", במטרה להגדיר אותם כגוף המרכזי שיטפל בקבורת החללים האזרחיים שנרצחו וכן באיברי הגופות שנותרו במחנה "שורה".
בפרוטוקול הדיון מפורטים השירותים אותם תבצע העמותה במסגרת החוזה עם המשרד לשירותי דת: טיפול בכ-60 חללים אזרחיים שטרם הובאו לקבורה; הבאת חלקי גופות להטמנה או לקברים של נפטרים; הכנת חלקי גופות לשינוע לבתי קברות ברחבי הארץ; טיפול במכולות להשכרה לצורך אחסון הגופות; קבורת ציוד חללים (בגדים, שמיכות) מגואלים בדם בהתאם לדרישות הלכתיות.
"חברה קדישא ראשון לציון" הגישה הצעת מחיר לחוזה – 1.65 מיליון שקלים. התשלום שיועבר לחברה עבור כל רכיב שירות כדוגמת ביצוע טהרה, שינוע וכו', ייקבע לפי הנמוך מבין השניים: הצעת המחיר כפול הכמות שבוצעה בפועל, או גובה העלויות שהחברה הוציאה בפועל עבור שירות זה. המשרד ציין שהחברה לא תדרוש תשלום נוסף מהמוסד לביטוח לאומי עבור קבורת חלקי גופות.
במסגרת הדיון שנערך בוועדת הפטור, הציג המשרד לשירותי דת את השתלשלות הדברים, לפיהם החל מה-7 באוקטובר, המשרד נדרש לטפל בקבורתם של מאות חללים אזרחיים, לא כולל חללי צה"ל והגופים הביטחוניים. מאחר ובישראל יש יותר מ-600 עמותות שעוסקות בקבורה, המשרד החליט שלא יהיה נכון להעביר את החללים ישירות ממחנה "שורה" ברמלה, שם זוהו החללים, אל גופי הקבורה השונים לצורך קבורתם. לטענתם, יש צורך להקים מרכז שליטה אחד לטיפול בחללים עד להבאתם לקבורה. הנימוק הוא שמערך מרכזי אחד יצמצם את הסיכוי להתרחשותן של תקלות וטעויות בסיטואציה רגישה כזאת.

בעקבות זאת בחר המשרד ב"חברה קדישא ראשון לציון" כדי לרכז את כלל הפעולות, ונימק את הבחירה בעמותה בשל יכולותיה לטפל במספר רב של נפטרים במקביל, ביצוע טהרה בהתאם לכל הוראות ההלכה היהודית לנפטרים אלו, וכן קרבתם היחסית של מתקניה למחנה "שורה" ולדרום הארץ.
בוועדת הפטור התברר שהפעלת החברה לטובת נתינת השירותים בוצעה מבלי שהתקיים דיון בוועדת המכרזים, וללא שהתקבלו האישורים הנדרשים בחוק. כמו כן, לא נחתם עם החברה הסכם התקשרות המסדיר את תנאי ההתקשרות, ובכלל זה השירותים הנדרשים ותעריפי הפעילות.
ב-7 בנובמבר אישר סגן בכיר לחשב הכללי תשלום של עד 5.3 מיליון שקלים עבור מתן שירותים של החברה לכלל החללים האזרחיים. בין השירותים נכללו גם פעולות טהרה, אחסון, שירותי מוקד ושינוע לצורך ביצוע טהרה ולאחר מכן למקום הקבורה, הכל בהתאם לסמכותו של המשרד מכוח הוראת התקנה לטיפול בתשלומים ללא התקשרות מאושרת. אישור זה ניתן לחברה זו בלבד, ויש לציין כי ישנן חברות נוספות שהמשרד הפעיל ללא אישור חוקי וללא שנחתם עמן הסכם.
כעת, לאחר סיום שלב קבורת החללים, מבקש המשרד לשירותי דת להרחיב את ההתקשרות עם החברה לצורך טיפול בקבורת איברים של חללים אזרחים שנרצחו במסגרת מלחמת חרבות ברזל.
המשרד לשירותי דת העביר לוועדת הפטור ב-13 בנובמבר את ההחלטה של ועדת המכרזים המשרדית, בה אושרה התקשרות עם החברה כספק יחיד. הנימוק שהוצג לכך היה כי עמדת המשרד בנושאים רגישים כגון אלה, היא שנדרש גורם אחד שיהיה אחראי על הטיפול בחללים אזרחיים ולא שכל חברת קדישא תפעל מול המשפחה. "בחודש האחרון צברו עובדי החברה ניסיון מקצועי והלכתי, הנדרש לטיפול המורכב והרגיש מאד של קבורת איברים, ובדגש על קיום מסוגלות נפשית לביצוע הפעולות הנדרשות", כך לפי המשרד. עוד הוסיף כי "החברה ביצעה ומבצעת משימות שהוטלו עליה בצורה מצוינת ולשביעות רצון המשרד, תוך עמידה בהנחיות הרבנים ובהלכות הטהרה". נימוק נוסף שניתן להתקשרות חוזית תוך פטור ממכרז הוא הצורך לייצר רציפות תפקודית מוחלטת בנושא טיפול בחללים, למען השלמת התהליך ומניעת תקלות וטעויות שעלולות לפגוע בכבוד המת וברגשות המשפחות.

ועדת הפטור קיימה ב-15 בנובמבר דיון בפניית המשרד. הוועדה לא השתכנעה מנימוקי יהודה אבידן, מנכ"ל המשרד לשירותי דת, כי יש לחברה ניסיון מוקדם ייחודי בביצוע השירותים. חברי הוועדה סברו שלא ניתן להסתמך על ניסיון החברה שנצבר במהלך הפעלתה בחודש האחרון, מאחר והפעלה זו נעשתה כאמור בניגוד לדין וללא שנחתם הסכם. הוועדה סברה שלא ניתן לתת לחוטא לצאת נשכר ולבסס על נימוק זה את היותה ספק יחיד. נוכח האמור, החליטה הוועדה שהחברה אינה עומדת בתנאי תקנה 3 ולא ניתן לאשר את בקשת המשרד כפי שהוגשה.
למרות זאת, חברי הוועדה הסכימו עם טענת המשרד לשירותי דת כי יש יתרון בריכוז ביצוע השירותים בידי גורם אחד. לאור האמור ולאחר בחינת הבקשה ונסיבות העניין, כמו גם לנוכח רגישות השירותים המבוקשים ומאחר והוועדה השתכנעה שיש צורך לבצע אותם באופן מיידי וכי עיכוב בביצועם עלול לגרום נזק של ממש – אישרה הוועדה את ההתקשרות החוזית.