המשנים ליועצת המשפטית לממשלה, שרון אפק וד"ר גיל לימון, העבירו ליועצת המשפטית לממשלה חוות דעת סופית בנוגע להקמת ועדת הבדיקה לנושא השימוש ברוגלות, אותה מתכוונת הממשלה לאשר היום. בחוות דעתם קובעים המשנים ליועמ"שית כי מאחר ששר המשפטים והממשלה אינם מוסמכים לעסוק בהליכים משפטיים תלויים ועומדים, הם אינם יכולים להקנות סמכות כזו לוועדת הבדיקה אותה הם מקימים.
"ועדת בדיקה ממשלתית יונקת את כוחה מתחומי האחריות של השר המבקש להקימה. כידוע, ניהולו של הליך פלילי מופקד בידי בית המשפט היושב בדין, וקיימת הפרדה מוסדית ברורה בין אחריותו המיניסטריאלית של שר המשפטים, לבין גופי החקירה והתביעה. על כן, הממשלה אינה מוסמכת להעניק לוועדת הבדיקה את הסמכות להתערב בדרך כלשהי בהליכים פליליים תלויים ועומדים", נאמר בחוות הדעת.
המשנים ליועמ"שית הוסיפו, כי עיסוק בחומרים הנוגעים להליכים פליליים תלויים ועומדים "טומן בחובו חשש מובנה להשפעה פסולה על חקירות ומשפטים מתנהלים, אף אם בלא כוונת מכוון, ולשיבוש מהלכי משפט, על כל ההשלכות הכרוכות בכך", וציינו עוד כי "כאשר ועדה שהוקמה על ידי הממשלה ושהממשלה בחרה את חבריה, מעורבת בהליכים פליליים תלויים ועומדים, הדבר עומד בסתירה לדין הפלילי ולעצמאותם של ההליכים הפליליים, וחותר תחת הצורך בהבטחת אמון הציבור בטוהר ההליך הפלילי".
בנוסף העירו המשנים ליועמ"שית כי הממשלה לא דנה מספיק ברצינות בהתנגדות גורמי הביטחון להקמת ועדת הבדיקה. השניים ציינו כי ראש שירות הביטחון הכללי וראש המועצה לביטחון לאומי המליצו שלא להקים את הוועדה. הם אף ציינו כי "הקמת ועדה בנושא צפויה לפגוע ביכולתה של משטרת ישראל לפעול לשם מילוי תפקידה על פי חוק, ועלולה להוביל לפגיעה בטיפול בפשיעה בחברה הערבית ובאזורים נוספים". לדבריהם, הדברים מקבלים משנה תוקף על רקע דיונים שנערכים במקביל בימים אלו בנוגע להעמדת אמצעים לרשותה של המשטרה לשם מיגור מעשי האלימות והרצח בחברה הערבית.
"יודגש כי ההכרעה בשאלה אם התנגדות זו מצדיקה הימנעות מהקמתה של הוועדה היא שאלת מדיניות המצויה בפררוגטיבה של הממשלה ונתונה לשיקול דעתה. ואולם, יש מקום לכך שגורמי הביטחון הרלוונטיים יציגו בפני הממשלה את הטעמים העומדים בבסיס עמדתם. לשם כך, ניתן גם לשקול לקיים דיון בפורום מצומצם, בו גופי הביטחון ואכיפת החוק יוכלו להציג ולפרט לשרים הנוגעים בדבר את טעמי התנגדותם", נאמר בחוות הדעת. לאור זאת ממליצים השניים כי גם אם יוחלט על הקמת הוועדה, ייקבע כי דיוניה ייערכו בדלתיים סגורות.
בסיכום חוות הדעת נאמר כי "הממשלה מוסמכת להקים ועדת בדיקה ממשלתית במסגרת אחריותה לעבודת הרשות המבצעת, על מנת לבחון כשלים ולהפיק לקחים לשיפור עבודת הממשלה. במסגרת תפקידנו כייעוץ המשפטי לממשלה, אנו פועלים לסייע לממשלה להגשים את מדיניותה בגבולות הדין, וכך גם פעלנו בעבר בקשר להקמתן של ועדות בדיקה ממשלתיות וועדות חקירה ממלכתיות. בתוך כך, מפאת חשיבותן של ועדות כאמור, נדרש להקפיד כי הקמתן תיעשה בגבולות הדין, ועל כן עמדנו לעיל על הקשיים המשפטיים הבולטים העולים מההחלטה המוצעת, ובראשם שני אלה: ראשית, העדר סמכות לממשלה להקנות לוועדת בדיקה ממשלתית סמכות לעסוק בהליכים פליליים תלויים ועומדים, בשל חשש ממשי להשפעה פסולה על הליכים אלה; שנית, חשש כבד לפגיעה בעבודת המשטרה וגופי הביטחון, בשל חשיפת שיטות ואמצעים חיוניים המשמשים את אותם גופים במאבקם בפשיעה החמורה ובהגנה על ביטחון המדינה. חשש זה לא לובן ולא ניתן לו מענה במסגרת הצעת ההחלטה".
