הרב שמואל אליהו יצא במכתב חריף נגד שירות הביטחון הכללי. "איבדתם את האמון שלי", כך כתב בפוסט שפורסם בעמוד הפייסבוק "לשכת הרב שמואל אליהו", זאת בעקבות הסרטון שפורסם בו רואים את יחיאל אינדור, מובל מבית החולים לבית המשפט, כשאזיקים לרגליו, בדיון על הארכת מעצרו. הרב פנה אל אנשי המחלקה היהודית בשב"כ ואמר: "איבדתי את האמון בכם. מבחינתי אתם לא פועלים לחקר האמת. אתם רק רוצים להראות לכולם שהם הצודקים".
בפוסט ארוך כותב הרב שמואל את השתלשלות האירועים. "המקרה שבו התחלתם לאבד את האמון שלי היה לפני כשנה, כשעצרתם את הבחור שהגן על הילדים ליד אריאל. חקרתם אותו בעינויים והשפלתם אותו עד עפר. בסוף, בית המשפט שחרר אותו ללא כל אישום. אך בינתיים הרסתם לו את שמו הטוב והשארתם לו צלקת לכל החיים".
"בימים ההם", הוא נזכר, "בתקופה שחקרתם אותו, שאלנו אני וחבריי הרבנים את רונן בר – ראש השב"כ, מדוע אתם מענים את היהודי שהגן על הילדים, למה במקום חקירה אתם לא נותנים לו צל"ש? ראש השב"כ השיב לי ולחבריי הרבנים כי יש דברים שאנו לא יודעים ואסור לגלותם, ואף הבטיח שכשהדברים יתבררו נגלה שהם פעלו כשורה. ובכן, עברו שלשה חודשים מאז המעצר והבן אדם שוחרר לביתו בלי שום אישום".
הרב שמואל חזר אל חקירתו של אינדור. "עכשיו, חוזרים ושבים במחלקה היהודית בשב"כ על אותו סיפור, מנסים לדוג מאינדור הודאה על פשע שלא ביצע, ולעשות את מה שעשו לעמירם בן אוליאל לפני יותר משבע שנים. איך מתקבל על הדעת לקחת אדם פצוע ראש מטיפול נמרץ בבית החולים, ולהכניס אותו לחקירת שב"כ בעינויים? אחר כך עוד יספרו לכולם שהוא גם הודה בחקירתו ברצח רבין…".
במילים חריפות מאד כותב הרב אליהו, "אין לנו אמון בכם, אנשי המחלקה היהודית של השב"כ. זכיתם ביחס הזה בצדק במגוון שלם של פעולות. אין לנו אמון בשיקול הדעת שלכם. אין לנו אמון במטרות שלכם. אין לנו אמון בשום אמירה שלכם. אם אתם רוצים לזכות באמון שלנו בחזרה, תצטרכו לעבוד קשה לשם כך".
הוא הוסיף כי "בינתיים, כל ההודעות שלכם בעינינו לא אמינות. כל המעצרים שלכם – הם מעצרי שווא. כל ההודאות שתוציאו מפי הנאשמים הן הודאות שנגבו שלא כדין. כך לא פועל גוף האמון על האמת והצדק. בלי אמון הציבור אין לכם זכות לפעול בשמנו. כדאי שתחשבו מסלול מחדש".
