חיסול שלושת בכירי הג'יהאד האיסלמי ברצועת עזה אמנם תפס את תושבי ישראל בהפתעה אך בכל הקשור למערכת החינוך, מדובר בתזמון די נוח שהרי כל תלמידי בתי הספר היסודיים והעל יסודיים נמצאים היום בחופשת ל"ג בעומר.
יחד עם זאת, הלימודים האקדמיים אמורים היו להתקיים כסדרם. בעקבות התחממות המצב, ותגובת הג'יהאד שצפויה לכלול ירי רקטות לעבר אזור עוטף עזה והדרום, מוסדות האקדמיה באזור הדרום ביטלו באופן מלא את קיום הלימודים הפרונטליים והודיעו כי שעריהם יישארו סגורים עד להודעה חדשה.
שר החינוך יואב קיש טרם התייחס להיערכות מערכת החינוך למצב אך כן בחר לחזק את ראשי צה"ל ומערכת הביטחון על פעולות החיסול של בכירי הג'יאהד: "בתגובה לטרור של הג׳יהאד האיסלמי, נתקפו הלילה בכירי הארגון ויעדים של הארגון ברצועת עזה. כל מי שיוזם פעילות טרור נגדנו לא ינקה. נגן על אזרחי ישראל בכל אתר ובמלוא העוצמה. מחזק את צה״ל וזרועות הביטחון אשר פועלים וימשיכו לפעול באופן ממוקד לסיכול יעדי טרור. הבא להרגך השכם להורגו".
בהמשך להנחיות פיקוד העורף, המכללה האקדמית ספיר שבשער הנגב, תהיה סגורה היום לכניסת תלמידים ואנשי סגל ההוראה. לא יתקיימו לימודים ומבחנים, גם לא באופן מקוון דרך מערכת הזום.
באוניברסיטת בן-גוריון הפיצו הודעה בקרב הסטודנטים והסגל, בה הובהר כי בעקבות הנחיות פיקוד העורף, הלימודים בקמפוסים בבאר-שבע יערכו במתכונת מקוונת ויועברו בזום. מעבדות הוראה ובחינות לא יתקיימו עד להודעה חדשה. לגבי ההתנסויות הקליניות שאמורות להתקיים בבתי החולים יש לברר מול המחלקה הרלוונטית. במקביל, כלל המקלטים וחדרי הבטחון במעונות ובקמפוסים נפתחו לרווחת הסטודנטים.
במכללות להנדסה על שם סמי שמעון בבאר שבע ובאשדוד הודיעו כי מהיום ועד להודעה חדשה לא יתקיימו לימודים פרונטאליים, מעבדות, סדנאות, בחנים ובחינות בקמפוסי המכללה השונים. כל הלימודים יתקיימו במתכונת מקוונת באמצעות זום. גם במכללה האקדמית באשקלון הודיעו לסטודנטים כי הלימודים יתקיימו באופן מקוון בלבד בעקבות המצב הביטחוני והנחיות פיקוד העורף.
אוניברסיטה הפתוחה שלחה לסטודנטים בדרום: "לאור מבצע מגן וחץ ובהתאם להנחיות פיקוד העורף, עקב המצב הבטחוני בדרום היום ה- 9.5.23 יבוטלו המפגשים הפרונטליים בקמפוסי האוניברסיטה הפתוחה בבאר שבע ובשדרות, במקומם יועברו המפגשים באופן מקוון".
