דו"ח מבקר המדינה בנוגע לעבודת המחלקה לחקירות שוטרים מעלה כי חלה עלייה משמעותית במספר התלונות שהוגשו למח"ש נגד שוטרים בטענה לפיהן הם נהגו שלא כדין כלפי אזרחים. על פי הדו"ח שגיבש המבקר מתניהו אנגלמן – בשנת 2021 התקבלו 4,401 תלונות, עלייה של 34 אחוזים לעומת שנת 2019 שבה התקבלו 3,293. ב-625 תיקים נחקרו שוטרים באזהרה, שהם 12 אחוזים מהתיקים שמח"ש בחנה וקיבלה החלטה בעניינם בשנת 2021. מח"ש הגישה 68 כתבי אישום בשנת 2021, שהם 1.2 אחוזים מכלל התיקים שבחנה. 55 אחוזים מהתיקים שמח"ש טיפלה בעניינם ב-2021 נסגרו מבלי שנותבו לגורם אחר במשטרה למענה ארגוני שאינו פלילי.
לפי דו"ח המבקר, "הטיפול המערכתי בנושא סובל מבעיה יסודית – נמצא כי רוב התלונות והמידע המתקבלים אינם נבחנים בכל המישורים הרלוונטיים, ובמיוחד לא במישור הפיקודי. אלפי תיקים שנפתחו עקב טענות בדבר התנהגות פסולה של שוטרים, בדרגות חומרה שונות, נגנזו למעשה בהמשך לסגירתם במישור הפלילי ולא קיבלו טיפול משמעתי ואף לא טיפול מערכתי-ארגוני. נמצא כי בשנת 2021 קיבלה מח"ש החלטות סופיות ב-5,356 תיקים. מח"ש סגרה 2,932 תיקים (כ-55 אחוזים), מבלי שניתבה אותם לגורם כלשהו במשטרה, שיבחן את הצורך במתן מענה שאינו פלילי".
כמו כן, המבקר מתריע בפני תופעות של "חולשת הטיפול המערכתי הנשען על שורה של גורמים שונים במשטרה ובמשרד המשפטים, המטפלים בתלונות נגד שוטרים; היעדר גורם אחד האחראי לתכלל את דרכי הטיפול השונות במערך כולו; אלפי תלונות מוגשות נגד שוטרים מידי שנה ורק במיעוטן נחקרים שוטרים באזהרה ואילו אלפי תיקים נסגרים באפיק הפלילי בלי שהועברו לבחינת אפיקי טיפול אחרים, ובהם טיפול משמעתי ופיקודי".
בנוסף, העיר המבקר כי סמכויותיהם של חוקרים במח"ש אינן מוסדרות באופן שעולה ממנו באופן ברור מה תחומי עיסוקיהם, וכן כי אינם מקבלים הכשרה מקצועית ראויה, יכולות מודיעיניות וחקירתיות והדרכה רצינית לקראת עבודתם.

בתוך כך, הצביע המבקר על סחבת ממושכת בהליכים המשפטיים המתבצעים כנגד שוטרים. על פי הדו"ח, שוטרים נמצאים בהשעיה מתפקידם כשהם עדיין מקבלים שכר אך מנועים מלשוב לעבודתם במשך תקופות ארוכות. מהדו"ח עולה כי "על פי נתונים שהתקבלו ממחלקת משמעת בשנת 2018 הוצאו לחופשה כפויה 70 שוטרים, בשנת 2019 הוצאו לחופשה כפויה 59 שוטרים, ובשנת 2020 הוצאו לחופשה כפויה 64 שוטרים. במהלך התקופה שמינואר 2021 עד אוקטובר 2022, מחלקת משמעת החליטה להוציא 77 שוטרים לחופשה כפויה: 3 שוטרים שהו בחופשה למעלה משנה; 18 שוטרים שהו בחופשה כפויה בין חצי שנה לשנה; 24 שוטרים שהו בחופשה כפויה בין שלושה לשישה חודשים, ו-32 מהם עד שלושה חודשים. תקופת ההשעיה הממוצעת של 29 שוטרים שהתקבלה החלטה על השעייתם בשנת 2018 היה כ-531 ימים. תקופת ההשעיה הסתיימה אם על ידי ביטול ההשעיה או על ידי סיום שירותו של השוטר עקב שחרורו או פרישתו לגמלאות. תקופת ההשעיה הממוצעת של 15 שוטרים שהושעו בשנת 2019 הייתה כ-545 ימים".
המבקר הצביע על כך ש "יש חשיבות לכך שתקופות של השעיה וחופשה כפויה יהיו קצרות ככל הניתן מטעמי חיסכון בכספי ציבור. לפיכך על המשטרה ומח"ש לפעול ככל הניתן לצמצום תקופות החופשה הכפויה וההשעיה הארוכות הכרוכות בתשלום שכר באמצעות זירוז הטיפול בתיקים הפליליים והמשמעתיים שבהם מעורבים שוטרים השוהים בחופשה כפויה או אלו המושעים מתפקידם". דו"ח המבקר טוען, כי תקופות השעיה ארוכות של שוטרים (כשנה וחצי בממוצע) עלו למשטרה כ-9.7 מיליוני שקלים.
המבקר העלה נקודה נוספת אשר פוגעת באמינותה של המחלקה לחקירות שוטרים והיא התלות הקיימת בין המשטרה למח"ש, על אף שהגופים אמורים לפעול בהפרדה מוחלטת האחד מהשני. לפי המבקר "גם לאחר אזרוחו של אגף החקירות במח"ש, באופן פורמלי הוא עדיין תלוי בפעילותם של חוקרי האגף, בשיתוף פעולה מצד המשטרה, והם נאלצים להסתמך על משאביה, לרבות תלות בקבלת הרשאות וגישה ישירה למערכות מידע משטרתיות ההכרחיות לקידום חקירות; הישענות על שירותי המשטרה בתחום הפורנזי, לרבות מעבדות מז"פ; הסתייעות בשוטרים לצורך ביצוע פעילויות מבצעיות באזורים רגישים; תלות באישורי המשטרה לשילוב חוקרי מח"ש בהכשרות משטרתיות רלוונטיות".
בנוסף, המבקר מציין כי כלל הכשלים המצויים בעבודת מח"ש מביאים לאיבוד אמון של הציבור במשטרה ובמח"ש, מה שפוגע ביכולת לבנות אמון בין הציבור לבין כלל מערכת אכיפת החוק.
ממשטרת ישראל נמסר: "משטרת ישראל רואה בחומרה כל התנהגות חריגה שאינה עומדת בקנה אחד עם נורמות ההתנהגות וערכי הארגון וכל אירוע מטופל בהתאם. החלטות בדבר נקיטה בהליכים משמעתיים נגד שוטרים ומימוש הנחיות מח"ש בדבר העמדה לדין של שוטרים מבוצעות על פי הוראות החוק, פקודות המשטרה ונהליה.
"נדגיש כי תיקים המתקבלים ממח"ש מנותבים להליך שפיטה או להמשך טיפול משמעתי ומועברים לערכאה המתאימה בהתאם למקרה. כל תיק נבחן ביסודיות ומתקבלת לגביו החלטה מוסמכת ומנומקת. כל מקרה נבחן לגופו בהתאם למכלול השיקולים הרלוונטיים, לנסיבות ולחומר הראיות, כמקובל בקבלת החלטות משפטיות.
"אשר לצמצום חופשות כפויות והשעיות נציין כי משטרת ישראל שואפת לצמצם את משכיהן. יודגש כי בכל הליך, בין אם מדובר בהליך פלילי או משמעתי, נשמרות זכויות השוטר כפי שנשמרות זכויות האזרח אך לא אחת נאלצים להמתין לסיום הליכים חיצוניים שאינם תלויים במשטרה. בנוסף, ישנם תיקים מורכבים אשר מטבע הדברים מצריכים בדיקה מעמיקה ורחבה יותר, דבר המאריך את משך הטיפול".