ראש הממשלה בנימין נתניהו הגיש אמש (ד') לבג"ץ את התנגדותו להנחיות החדשות שהוציאה בעניינו היועצת המשפטית לממשלה האוסרות עליו כל מעורבות בנושא הרפורמה המשפטית. לטענת נתניהו, היועצת המשפטית לממשלה הרחיבה באופן לא סביר את האיסורים שנקבעו בחוות הדעת של היועמ"ש מנדלבליט משנת 2020, וזאת בניגוד לסיכום, שבו נקבע כי חוות הדעת ההיא תעמוד בעינה.
"בחוות הדעת החדשה נקבעו לפתע הוראות חדשות שסוטות למעשה ובאופן משמעותי מהסדר ניגוד העניינים משנת 2020 ומההסכמות המפורשות אליהן הגיעו הצדדים בשנת 2020, תוך העלאת חששות תאורטיים ורחוקים לניגוד עניינים. היועצת המשפטית הממשלה הנכבדה מנועה מלילך בדרך זו המנוגדת להסכמות הצדדים וההופכת את הסכמות הצדדים לפלסתר", נאמר בתגובה.
בהמשך התגובה מפורט, כי בטיוטת חוות הדעת בנוגע לניגוד העניינים, אשר הוצאה על ידי היועמ"ש, הוגבל נתניהו מכל עיסוק שהוא בנושאי בחירת שופטים וחברי הוועדה לבחירת שופטים. אולם, בנוסח הסופי נאסר עליו רק לעסוק במישרין בעניינם של שופטי בית המשפט העליון ובית המשפט המחוזי בירושלים. כעת, טוענים עורכי הדין בשם נתניהו, מבקשת היועמ"שית להטיל עליו את המגבלות כפי שנקבעו בטיוטה ולא בנוסח הסופי.

לטענת נתניהו, "הטלת מגבלות על ראש הממשלה וביחוד מגבלות שמשתמעת מהן הגבלות על חופש הביטוי שלו, פוגעות למעשה בחופש הביטוי של מיליוני אזרחים שהצביעו עבורו בבחירות דמוקרטיות רק לפני חודשים ספורים. מדובר בפגיעה בערך יסוד משמעותי במשטר הדמוקרטי שיש למנוע את הפגיעה בו, במיוחד כשהעילה לפגיעה בחופש הביטוי היא ניגוד עניינים תאורטי ורחוק".
נתניהו מוסיף וקובל, באמצעות עורכי דינו, על אופי המגבלות החדשות, "חוות הדעת החדשה מעלה מעבר לכל פרופורציה חששות תאורטיים ורחוקים לניגוד עניינים ומטילה מגבלות גורפות ולא ענייניות על ראש הממשלה. אם חל ניגוד עניינים על ראש הממשלה בשל חששות תאורטיים ורחוקים, מדוע שאותו ניגוד עניינים לא יחול על גורמים אחרים העוסקים ברפורמה ומושפעים ממנה הרבה יותר מאשר ראש הממשלה?".
לדבריו, "הרפורמה במערכת המשפט הוכנה על ידי שר המשפטים ויו"ר וועדת חוקה חוק ומשפט, כאשר הרפורמה כבר קיימת, ומדובר בעניין מרכזי העומד על סדר היום הציבורי. לא ניתן למנוע מראש הממשלה להשפיע על היקף הרפורמה ולהתייחס אליה, אף אם נקבל את אותם החששות התאורטיים והרחוקים של היועצת. לא לחינם גורמים נכבדים שאינם תומכים במפלגות הקואליציה, סבורים שיש הכרח במעורבותו של ראש הממשלה והדבר נדרש לדעתנו לפי "כלל הצורך".