ממשלת בנט-לפיד הקפידה עד כה בסוגיות הכבדות הנוגעות להתיישבות, לא להכריע. כעת, יחד עם כס השלטון בנט מעביר לשותפו לממשלה יאיר לפיד גם את ההתחבטויות וההתלבטויות בנושאים שבהם החליט עד כה שלא להחליט.
הסוגיה הבוערת ביותר היא פינוי או השארת ישיבת חומש בשטח. מאז שנת 2005 פועלת במקום ישיבה בראשות הרב אלישמע כהן, רחוק מעיני התקשורת, אלא שרצח תלמיד הישיבה יהודה דימנטמן לפני כחמישה חודשים הסב את תשומת הלב לקיומה.לפיד חזר שוב ושוב על כך שהישוב לא חוקי ויש לפנותו.
ארגוני שמאל עתרו לבג"ץ בדרישה לפנות את המקום. לאחרונה, הודיע בג"ץ כי על המדינה להודיע עד ל-10 באוגוסט על כוונתה לפנות את ישיבת חומש. זאת בעקבות תשובת המדינה לבית המשפט שבעיני שר הביטחון "אין מקום להתערבות בית המשפט הנכבד בעת הזו". אולם בג"ץ לא קיבל קביעה זו.
הנושא השני שמחכה להכרעה הוא פינוי חאן אל אחמר, נקודת ההתיישבות הבדואית הלא חוקית שבצפון ירושלים. בחודש מארס האחרון הוציאו השופטים צו על תנאי בעתירה שהגישה תנועת רגבים, המורה למדינה לנמק בתוך 120 יום, מדוע לא מימשה את ההתחייבות שנתנה לבג"ץ לפני כשלוש שנים. לפי ההתחייבות, רשויות החוק יאכפו את החוק ויהרסו את המתחם הלא חוקי "במועד קרוב". לפיד טען בעבר שפינוי חאן אל אחמר יהווה גורם לנזק מדיני ובהתיישבות כבר לא מצפים כי יפונה.
עניין נוסף הוא היישוב אביתר. נקודת ההתיישבות שהקימה תנועת נחלה לפני כשנה עוד מחכה להכרעה בעניינה. במסגרת המתווה שגובש אז בין המתיישבים לממשלה, היישוב פונה מרצון מתושביו תוך כדי שמערכת הביטחון התחייבה לשמור על המבנים הקיימים ואחרי קיום סקר קרקעות שימצא שמדובר באדמות מדינה – תקום במקום ישיבת הסדר. הסקר הסתיים לפני חודשים ארוכים, גם היועץ המשפטי לממשלה לשעבר אביחי מדלבליט קבע כי אין מניעה משפטית מליישב את המקום אבל בממשלה לא הכריעו מה גורלו. במרצ דורשים לפנותו, בימינה היו שמחים לראות את המבנים הריקים מאוכלסים. לפיד עצמו אמר כבר מזמן "ההסכם הזה לא נעשה איתי. אני מייצג חצי מהממשלה ולפיכך בעיניי הוא לא תקף ואני מתנגד לו".
