על רקע המהומות בהר הבית הבוקר (א'), והאיומים של ארגוני הטרור לקראת ריקוד הדגלים היום אחר הצהריים, המשיכו להתקיים לאורך היום הפרות סדר והתפרעויות של ערבים במזרח ירושלים. במהלך סיורים של ח"כ מירי רגב (הליכוד) וח"כ אופיר סופר (הציונות הדתית) בעיר העתיקה, יודו לעברם אבנים ונזרקו חפצים חדים ונפצים. במקביל, חלק משרי הממשלה נעדרו מהישיבה החגיגית לציון 55 שנה לאיחוד העיר.
בשעה שרגב עשתה את דרכה מהכותל לשער שכם, בצעדת דגלים עם הקהילה הצרפתית, זרקו כמה ערבים אבנים לעבר הקבוצה. המאבטח ממשמר הכנסת שליווה אותה נפצע בראשו ופונה לבית החולים לטיפול. בדוברות הכנסת אישרו את הפרטים. "סיימנו לשיר את התקווה וזרקו עלינו אבן", סיפרה אחת הנוכחות.
במקביל, סיור שערך ח”כ סופר עם לשכתו ברובע המוסלמי שבעיר העתיקה, בין היתר בבית נחמיה, הסמוך למקום הרצח של הרב נחמיה לביא ואהרון בנט הי"ד, עוכב לאחר שנזרקו על המשתתפים מצתים, אבן וחזיז.
מוקדם יותר היום התייחס ראש הממשלה בנט, בישיבת ממשלה מיוחדת שנערכה בקמפוס גבעת רם של האוניברסיטה העברית לרגל יום ירושלים, להנפת דגל ישראל בבירה, ואמר כי הנפת הדגל היא "דבר מובן מאליו, ולכן היינו בהירים וברורים בנושא מהרגע הראשון. אני מבקש מהמשתתפים לחגוג בצורה אחראית ומכובדת, ומכאן – בשם שרי ממשלת ישראל – אני שולח תודה גדולה לשוטרי ולשוטרות משטרת ישראל על אבטחת האירועים כולם".
מהישיבה החגיגית נעדרו השרים עיסאווי פריג' – שנעדר במחאה על אירועי הר הבית, גדעון סער שנמצא בחופשה בחו"ל, איילת שקד הסובלת מבעיה רפואית, נחמן שי שנמצא בנסיעת עבודה וחמד עמר. מלשכת פריג' נמסר כי "השר בחר להיעדר מישיבת הממשלה החגיגית נוכח אירועי היום, ההיתר לעלייה המונית להר הבית, וקיומן בניגוד לסטטוס קוו של התפילות והפגנות ההתגרות בהר. השר בתחושה קשה מאוד מאירועי היום ומכל מהלך קבלת ההחלטות הלקוי לקראתם. קבלת החלטות שאיפשרה את מפגן הלאומנות שאיננו רוצה להיות חלק ממנו. השר רואה את תפקידו בהרגעת הרוחות, באיחוי, ובקירוב. ההיפך הגמור ממה שקורה כעת".
במהלך היום יתקיימו שלל אירועים לציון 55 שנה לאיחוד ירושלים, בכללם "ריקוד הדגלים" המסורתי שייערך במסלול הקבוע בשנים האחרונות דרך שער שכם ורחוב הגיא, אל הכותל המערבי.