כוחות גדולים הגיעו במהלך הלילה (ד') ליישוב חומש עם כלי הריסה כבדים וכיתרו את מבני הישיבה הפועלת במקום. בשעת בוקר מוקדמת, הם הרסו את מבנה פנימיית הישיבה ושאר המבנים מכותרים לקראת הריסה.
במקום שוהים עשרות תלמידי ישיבת חומש ומספר משפחות המתגוררות בישוב, אותם העירו הכוחות באמצע הלילה והסירו אותם מהמבנים.
בשלב הזה לא נהרס מבנה בית המדרש, והתלמידים נערכים בו לתחילת יום הלימודים.
בישיבת חומש אומרים שהפעילות מנוגדת להבטחות דוברים מטעם הממשלה מאז רצח יהודה דימנטמן שהצהירו כי לא ייהרסו מבנים שנבנו לפני הפיגוע.
ראש המועצה האזורית שומרון יוסי דגן תקף בחריפות את הממשלה על הריסת פנימיית ישיבת חומש: "ההרס הקשה הבוקר בישיבת חומש, הוא אכזריות ורוע של ממשלת ישראל כלפי משפחתו של יהודה דימנטמן, כלפי חבריו בישיבת חומש, חלקם גם נפצעו בפיגוע בו הוא נרצח, כלפי עם ישראל כולו. זו ממשלה חלשה שאין לה אומץ להתמודד מול הטרור הערבי בנגב ובלוד אבל יש לה הרבה אומץ ואובססיביות להרע ליהודים בחומש ובמקומות אחרים ביהודה ושומרון".