המנהל האזרחי מודה למעשה בקיומה של אפליה רשמית בין יהודים לערבים בכל הקשור לפעילות אכיפת חוקי הבנייה ביהודה ושומרון. במסמך מטעמו מופיעות שתי רשימות נפרדות של תבחיני אכיפה. האחת, "סדרי העדיפויות לאכיפה במגזר הפלסטיני", והשנייה "סדרי העדיפויות לאכיפה במגזר הישראלי".
מסמך סדרי העדיפויות נמסר לאחרונה לתנועת רגבים מידי המנהל האזרחי, בתגובה לשאילתה שהגישה בנושא, ואישר למעשה את חשדותיה בדבר אפליה רשמית בנדון. לאחר קבלת המסמך עתרה התנועה לבג"ץ באמצעות עו"ד בועז ארזי. "העובדה שאין סנכרון של הרשימות לרשימה אחת גורמת לאכיפה בררנית ובלתי שוויונית", טוען עו"ד ארזי. "הדבר מאפשר לגורמי האכיפה להתחמק מהשמירה על חוק התכנון והבנייה במגזר הערבי, תוך היתלות בטענת 'סדרי עדיפויות' שהיא אצטלה לחוסר המעש הזה".
לפי התבחינים של המנהל, אכיפת החוק לגבי יהודים במקרה של מבנים המוגדרים "סכנה לביטחון האזור, לשלום הציבור או לסדר הציבורי" או המשמשים אכסניה לפעילות שכזו, מוצבת במקום רביעי בסדר העדיפויות במגזר הישראלי – אך כלל אינה קיימת במגזר הערבי. זאת ועוד, "בנייה ישראלית תוך פלישה לאדמה פרטית" מצויה בסדר עדיפות גבוה, ואילו "בנייה ערבית המבוצעת תוך פלישה לאדמה פרטית" מצויה בתחתית סדר העדיפויות.
זאת למרות פסיקת בג"ץ בעבר, שקבעה כי בנייה בלתי חוקית כזו צריכה לעמוד בראש סדר העדיפויות.
מהמסמך עולה גם כי בנייה בלתי חוקית חדשה מקבלת עדיפות אכיפה גבוהה במגזר הישראלי, אך סדרי העדיפויות לאכיפה במגזר הערבי אינם מתייחסים כלל לבנייה חדשה. גם כאן הדבר נוגד את החלטות בג"ץ, הקובעות כי יש לטפל בבנייה חדשה בעודה באיבה, כדי למנוע אכלוס וקיבוע של המצב החדש.
כפי שדווח פעמים אחדות במקור ראשון ובכלי תקשורת אחרים, הרשות הפלסטינית מובילה לאחרונה תנופת בנייה בלתי חוקית ברחבי שטחי C במאמץ ליצור רצף התיישבותי ערבי, לבודד את היישובים היהודיים ביו"ש, וליישם בשטח את חזון הקמת המדינה הפלסטינית גם ללא תוקף רשמי.
מתחם חאן אל־אחמר, בין ירושלים למעלה־אדומים, שמיושבים בו כ־200 בני שבט הג'האלין הבדואי, הוא דוגמה מובהקת ומוכרת לניסיון לקטוע את רצף ההתיישבות היהודית בגוש אדומים, אולם פעולות דומות נעשות בין יישובי הר חברון, סמוך ליישובי גוש עציון, בבנימין ובשומרון. הבנייה הזו מתרחבת באין מפריע, בין השאר בחסות אכיפה דלה ובררנית של המנהל האזרחי.
מהיחידה לתיאום פעולות הממשלה בשטחים נמסר בתגובה: "סדרי העדיפויות לאכיפה בשטחי יהודה ושומרון נקבעו בתיאום בין גורמי המקצוע הרלוונטיים, בכפוף לשיקולים הביטחוניים ובאישור הדרג המדיני".
