בכלל המצוות הרבות הבאות בפרשתנו נזכר גם איסור הכלאיים:
אֶת חֻקֹּתַי תִּשְׁמֹרוּ בְּהֶמְתְּךָ לֹא תַרְבִּיעַ כִּלְאַיִם שָׂדְךָ לֹא תִזְרַע כִּלְאָיִם וּבֶגֶד כִּלְאַיִם שַׁעַטְנֵז לֹא יַעֲלֶה עָלֶיךָ (יט, יט)
דין זה חוזר גם בפרשת כי־תצא:
לֹא תִזְרַע כַּרְמְךָ כִּלְאָיִם פֶּן תִּקְדַּשׁ הַמְלֵאָה הַזֶּרַע אֲשֶׁר תִּזְרָע וּתְבוּאַת הַכָּרֶם. לֹא תַחֲרֹשׁ בְּשׁוֹר וּבַחֲמֹר יַחְדָּו. לֹא תִלְבַּשׁ שַׁעַטְנֵז צֶמֶר וּפִשְׁתִּים יַחְדָּו" (דברים כב, ט-יא).
בשני המקומות משתמשת התורה באותם מונחים ייחודיים, "כלאיים" ו"שעטנז", ובשניהם מתפרס האיסור על שלושה תחומים: בהמה, שדה, בגדים. על רקע דמיון זה בולטים ההבדלים שבין שני המקומות.
בפרשתנו הכתוב פותח בכותרת "אֶת חֻקֹּתַי תִּשְׁמֹרוּ", ולאחריה באים שלושה איסורים. סדר הביטויים באיסור השלישי שונה מסדרם בשני הראשונים, סממן ספרותי אופייני לפריט אחרון הסוגר את הרשימה. לפנינו אפוא עיקרון אחד, "אֶת חֻקֹּתַי תִּשְׁמֹרוּ", הבא לידי ביטוי בשלושה פרטים. בפרשת כי־תצא, לעומת זאת, אין כותרת, ושלושת האיסורים אינם מופיעים כשלושה פריטים של רשימה אחת. הפריט הראשון שם ארוך משני האחרים, ומלבד עצם האיסור נוספה בו גם אזהרה "פֶּן תִּקְדַּשׁ" וכו', כלומר התבואה שגדלה תיאסר בהנאה כהקדש. לאחריו מוסיפה התורה שני איסורים בתבנית לשונית זהה, כשהמילה המשותפת להם היא "יַחְדָּו".
ההבדל העיקרי הוא בתוכנם של האיסורים. לעומת האיסור הכללי בפרשתנו, צומצם האיסור בספר דברים, בכל אחד מהפריטים, לשני סוגים ספציפיים: שור וחמור לעומת בהמה בפרשתנו; כלאי כרם לעומת כלאי שדה בפרשתנו; וצמר ופשתים לעומת בגד כלאיים סתם בפרשתנו. לכך יש להוסיף את ההבדל בין איסור הרבעה בפרשתנו לעומת איסור חרישה בפרשת כי־תצא.
יש סדר לבריאה
נראה שהמפתח להבנת הכפילות באיסור הכללי, וכן להבנת ההבדלים בין הפרטים, נעוץ בהבנת טעם האיסור בכל אחת מהפרשיות. את טעם האיסור בפרשתנו פירש רמב"ן כך:
והטעם בכלאים, כי ה' ברא המינים בעולם, בכל בעלי הנפשות בצמחים ובבעלי נפש התנועה, ונתן בהם כח התולדה שיתקיימו המינים בהם לעד כל זמן שירצה הוא יתברך בקיום העולם. וצוה בכחם שיוציאו למיניהם ולא ישתנו לעד לעולם, שנאמר בכולם "למינהו" … והמרכיב שני מינין משנה ומכחיש במעשה בראשית, כאילו יחשוב שלא השלים הקדוש ברוך הוא בעולמו כל הצורך, ויחפוץ הוא לעזור בבריאתו של עולם להוסיף בו בריות.

"את חוקותי תשמורו" מתפרש לפי זה כ"חוקים שחקקתי בעולמי" (ירושלמי כלאים א, ז), כלומר שמירת הסדר שנקבע בעת הבריאה, שבו נבראו בעלי החיים והצמחים "למינהו". איסור בגד כלאיים הוא הקצנה של עיקרון זה, "להרחיק התערובות במינין", כלשון רמב"ן. האיסור בפרשתנו הוא אפוא איסור במישור שבין אדם למקום, והוא נועד לבצר את האמונה באל כבורא העולם.
כיוון שבפרשת כי־תצא לא מדובר בהרבעת בהמה אלא בחרישה בשור ובחמור, אי אפשר להעתיק לכאן הסבר זה. בביאור דין זה כתב אבן־עזרא: "והשם חמל על כל מעשיו, כי אין כח החמור ככח השור". כך כתב כבר פילון האלכסנדרוני. לפי טעם זה, מוקד האיסור איננו במישור שבין אדם למקום ואין הוא ביטוי לאמונה בה', אלא הוא שייך לתחום המוסרי כביטוי למידת הרחמים על הבריות כולן, גם בעלי החיים.
איסור השעטנז מנוסח בפרשת כי־תצא באותה לשון שבה מנוסח איסור החרישה בשור וחמור, ומכאן שיש לפרשו באופן דומה. כך כתב הראי"ה קוק במאמרו "טללי אורות":
גזל המשפט של הרכוש הולך הלך ומתרשם באיסור שעטנז; לא לך להתאים את חופש השימוש של הצמר הנעשק מהכבשה התמה, עם השימוש הרחב של הפשתן הבא לך בעבודה קולטורית כשרה ונעימה.
לפי פרשנות זו, אף איסור זה שורשו בהיבט המוסרי וברגישות לבעלי החיים. הצד השווה בינו ובין איסור החרישה בשור ובחמור היא הדרישה מהאדם להבחין בין אופיים של שני דברים הנראים דומים אבל באמת הם שונים ביסודם, וצירופם "יחדיו" עלול להביא לקלקול מוסרי.
בין לחם ויין
נראה שבכיוון דומה יש לפרש גם את איסור כלאי הכרם. מן הזרע מכין האדם את לחמו ואוכל אותו לשובע, שהרי "לֶחֶם לְבַב אֱנוֹשׁ יִסְעָד". היין אמנם "יְשַׂמַּח לְבַב אֱנוֹשׁ", אבל אוי לו לאדם אם ישתהו לרוויה. הסתייגותה של התורה משתיית יין לרוויה מובעת בסיפור נח, שנטע כרם לפני שאכל לחם, וכן בסיפור לוט. טשטוש התחומים שבין הזרע ובין הכרם מביא לאובדן הדעת, והוא שורש עשיית התועבות. משום כך התבואה הגדלה מכלאי הכרם נאסרת באכילה. נראה גם שבגלל החומרה היתרה שיש בעירוב זה מיקמה התורה איסור זה בראש הפסקה.
כללו של דבר: מצוות הכלאיים חזרה ונשנתה בספר דברים לא רק בגלל פרט מסוים שנתחדש בה אלא בגלל ההיבט החדש שנתחדש בה. בספר ויקרא מוקד המצווה הוא במישור האמוני, בספר דברים מוקד המצווה הוא במישור המוסרי. השורש השונה של המצווה הוא הדבר שנתחדש בה, ולאורו יש לנו להסביר גם את ההבדלים בפרטי המצווה.
למרות ההיבטים השונים מדובר באותה מצווה עצמה, ולכן מקפידה התורה להשתמש בספר דברים באותן מילים (כלאיים, שעטנז) המאפיינות את המצווה בוויקרא. ללמדך שהאמונה והמוסר שורשם אחד הוא, והם כשני צדדים של מטבע אחת. אי אפשר לאחד בלא השני, ומשפטי ה' אמת צדקו יחדו.