האם הקרן החדשה מכינה את הקרקע לקראת תמיכה בקמפיינים להעמדת קצינים ובכירים ישראלים לבית הדין הבינלאומי בהאג? לאחרונה הסירה הקרן את הסעיף מ"הקווים האדומים" שלה. בסעיף שהוסר נכתב כי "הקרן החדשה לישראל לא תתמוך בארגונים ש"פועלים להעמדת חיילי צה"ל ובכירים ישראלים לדין בבית דין זרים". סעיף שהתנוסס באתרי הקרן החדשה לישראל בעברית ובאנגלית הוסר לאחרונה מהאתר.
לאחרונה פרסם ארגון "בצלם", אחד הארגונים הזוכים לתמיכת הקרן החדשה לישראל, דו"ח לפיו ניתן להעמיד את מדינת ישראל ואנשיה לדין בבית הדין הבינלאומי בהאג. העמדה הזו שמאיימת על ישראל בטריבונלים בינלאומיים, כאמור, הייתה מנוגדת למדיניות הקרן החדשה לישראל שלא תמכה בארגונים התומכים ופועלים להעמיד את ישראל לדין.
בדברי ההקדמה לאותו דו"ח כתב מנכ"ל "בצלם", חגי אלעד, כי אם ישראל לא תיתן את הדין "דבר לא ישתנה".

"אם אף אחד לא ייתן את הדין אף פעם, שום דבר לא ישתנה", כתב אלעד, "לכך, בדיוק, שואפת הממשלה. אלא שאם ייקבע שיש סמכות, תיפתח בהאג חקירה – והמדינה, אולי, סופסוף, תצטרך להתחיל לקחת בחשבון את האפשרות שלפשעים שהיא מבצעת נגד הפלסטינים יהיה מחיר. אנו תקווה כי בית הדין יקבל את ההחלטה המתבקשת, יאשר את עמדת התובעת, ויקבע: יש סמכות – ותהיה חקירה".
נציין כי באותו דו"ח של ארגון "בצלם" נטען כי ישראל מנצלת את "זוועות מלחמה העולם השנייה" כדי להתעמר ולדכא את הפלסטינים.
"חשוב להבין על מה נסב כעת המאבק", נכתב בדו"ח בצלם, "לא על סמכות שיפוט, אלא על הערכים שעליהם נועד בית הדין הפלילי הבינלאומי להגן, בדיוק אותם ערכים שהעולם ניסה לקדם מאז תום מלחמת העולם השנייה, בתגובה לזוועות הבלתי נתפסות שבוצעו במהלכה. ישראל, בציניות חסרת מעצורים, מנסה להשתמש בזוועות אלה ממש כדי להצדיק דווקא את המשך הדיכוי, הגזל וההרג שהיא עצמה אחראית להם. היא דוחה בבוז את המאמץ הבינלאומי של 75 השנים האחרונות לגבש ולאכוף חוקים שיגבילו את הכוח, בניסיון לייצר עולם שונה, שיהיה מבוסס על צדק, שוויון וכבוד אנושי – לכל בני האדם. אלה הערכים שישראל דוחה בשאט נפש. אלה הערכים שחיוני היום להתעקש על מימושם".

ארגון נוסף שנתמך על ידי "הקרן החדשה לישראל" והחל לפעול בסוגיית בית הדין הבינלאומי בהאג הוא ארגון "עדאלה". לאחרונה הגישו בארגון בקשה ללשכת עורכי הדין, יחד עם עורכי דין אחרים ובו הדרישה כי לשכת עורכי הדין תסיר את בקשתה מלהצטרף כ"ידידת בית משפט" לבין הדין בהאג. כמו כן, לפני מספר חודשים הצהירו בעדאלה כי ישמחו להעביר "מידע וחוות דעת משפטיות" לתובעת בבית הדין הפלילי הבינלאומי נגד "מעשיה הבלתי חוקיים של ישראל"
פרופ׳ ג׳ראלד שטיינברג, נשיא מכון המחקר NGO Monitor: ״כבר ברור לכל שיש סתירה מהותית בין ההצהרה של הקרן כי לא תתמוך ב'לוחמה משפטית' לבין הפעילות בפועל של הארגונים ממומנים על ידה, כגון 'בצלם', 'עדאלה' ואחרים – ואולי זאת הסיבה שהקרן הסירה את הפיסקה הזאת מהקווים המנחים שלה והחליטה להתיישר עם פעילות הארגונים. תהיה הסיבה אשר תהיה, מעשה זה שוב מדגיש את חוסר האחריותיות והשקיפות בארגון פוליטי עוצמתי המתיימר להיות ליברלי״.
מהקרן החדשה לישראל נמסר בתגובה: "אין שינוי במדיניות התמיכות של הקרן. אנו בעיצומו של תהליך בו אנו מנסחים מחדש את הקווים המנחים תוך חשיבה, בחינה ועדכון של חלק מהנחות היסוד. נפרסם את השינויים עם סיום ההליך."