מאז בריחת ששת האסירים מכלא גלבוע, נדמה שג'נין הפכה לצרה צרורה עבור כולם. בישראל מיהרו לתדרך כי כל פעילות באזור ג'נין מורכבת בעיקר משום שמדובר באזור לא מרוסן, עמוס באמצעי לחימה רבים ותחת שליטתם הברורה של ארגוני הטרור שמחולקים שם לפלגים – רק במקום להיות מפוזרים ביהודה ושומרון, רצועת עזה ובתי הכלא השונים, בג'נין הם מרוכזים נקודה אחת.
בכלל, בשנים האחרונות כל פעילות במחנה הפליטים ג'נין הצריכה התייחסות אחרת לגמרי: לא רק מידע של שב"כ והיערכות של כוחות צבא נדרשו בשטח, אלא פעילותן של יחידות מיוחדות, ובראשן ימ"מ. צה"ל כבר מזמן הבין שלאירוע בג'נין יש השלכות אחרות, והוא לא דומה בשום צורה לאירועים ביטחוניים בגזרות אחרות. גם מנגנוני הביטחון הפלסטיניים כבר מזמן יצאו מהאזור. אין להם סיכוי להתמודד עם העוצמה שנבנתה שם בג'נין.
ג'נין הפכה לקוץ בצידה של מערכת הביטחון. אם בכלל הגזרות צה"ל מתאם ביטחון, מבצע מעצרים ליליים שקטים ונתקל בהתנגדות קשה רק במקרים חריגים, גזרת ג'נין היא חבית נפץ אזורית שפעם עוד הייתה תחומה לאזור אחד, אך היום משפיעה על כל יהודה ושומרון ואפילו רצועת עזה.
המציאות החדשה בג'נין מעלה את השאלה האם צה"ל לא רחוק ממבצע חומת מגן נוסף. כזכור, מבצע חומת מגן נולד אחרי שורה ארוכה וקשה של פיגועי טרור שהאחרון שבהם אירע בליל הסדר במלון פארק בנתניה. הקש ששבר את גב הגמל הוליד מבצע אגרסיבי להוצאת הנשק מתוך יהודה ושומרון בדגש על ערים מלאות בטרור ושורה של מעצרים וחיסולים שהובילו לשטח נקי יחסית ושקט ארוך שנים. יתכן מאוד שיש כבר מי שבמערכת הביטחון מכין את התוכניות מתוך הבנה שלתת לג'ינין להתחמש עוד יותר, לצבור הון פוליטי ברחוב הפלסטיני ולהפוך לרמאללה של חמאס. כלומר אם רמאללה מוגדרת כליבת הפתח ג'נין בהחלט יכולה להפוך לכזו עבור החמאס שמנסה בכוח להוציא משם חוליות טרור ולאחרונה גם כמעט הצליח.
המבצע האחרון ליירוט חוליית הטרור לא הסתיים בהצלחה – ולא רק בהיבט של הנפגעים בצד הישראלי. רק חמישה רובים הוצאו משם, ואמנם דיווחנו על מציאת חומר נפץ נוסף שהוצא משם, אך קצין בכיר בפיקוד על המבצע הודה שלא כל החוליה נתפסה ולכן הסיכול המיועד לחשיפה, לכידה או חיסול של החוליה לא הסתיים ב-100 אחוזי הצלחה, וגם לא בכאלו שאפשר להתגאות בהם.
ג'נין דורשת חשיבה אסטרטגית עמוקה ובסופו של דבר אולי גם מבצע צבאי גדול, לו יהיו השלכות הרות גורל על הביטחון הישראלי.