לפי התפיסה ביהדות כל עוד הנשמה בגוף, אינה נפסדת והינה נצחית. בחומש בראשית פרק ז' פסוק כב': ''כֹּל אֲשֶׁר נִשְׁמַת רוּחַ חַיִּים בְּאַפָּיו מִכֹּל אֲשֶׁר בֶּחָרָבָה מֵתוּ'' ולפירוש רש''י על המקום: נשמת רוח חיים. נשימה של רוח חיים: אשר בחרבה. ולא דגים שבים. רש''י הבין שמדובר גם בחיות ועופות אשר בחרבה שיש להם נשמה. נשמת חיה ועוף אינה נצחית כי גופם נפסד. נשמת האדם נצחית כי עתיד הגוף לא לחזור לעפר.
אם הגוף נפסד עתידה לחזור ולחיות בגוף האדם לעתיד לבוא, מה שקרוי תחית המתים, למעט חוטאים כבדים שלא יקומו בתחית המתים, בברכות השחר יש ברכה המתייחסת לנשמה וזה נוסחה: אלהי נשמה שנתת בי טהורה היא אתה בראתה אתה יצרתה אתה נפחתה בי ואתה משמרה בקרבי ואתה עתיד לטלה ממני ולהחזירה בי לעתיד לבוא כל זמן שהנשמה בקרבי מודה אני לפניך ד' אלהי ואלהי אבותי רבון כל המעשים אדון כל הנשמות ברוך אתה ד' המחזיר נשמות לפגרים מתים.
לפי התפיסה הזו, הנשמה הנה חלק שונה לחלוטין מהגוף ואינה חומרית. הרצון החופשי נובע מן הנשמה, ולפיכך, בעולם הארצי, רק לבני אדם יש רצון חופשי. לפי תפיסה זו, לבעל חיים אין נשמה, אלא רק גוף ולפיכך אין להם רצון חופשי. מבין המאמינים בגלגול נשמות, יש המוציאים מכלל זה בעלי חיים שהם התגלגלות של נשמת אדם. מעבר לכך, בנשמה שהיא עצמותו של האדם ועיקר אופיו יש משהו מהאלוהות. כך הבינו חז''ל את המימרה ''חלק אלוה ממעל'' (איוב לא ב). בזכות הנשמה שבאדם האדם יכול להתחבר ולתקשר עם האלוהות האינסופית והלא מוגבלת.
אמונה נפוצה גורסת, כי בעת השינה הנשמה עוזבת חלקית את הגוף, ובכל לילה היא רושמת את כל מעשיה ביום שעבר, וחותמת על זה, הגדרת מצב השינה בפי חז''ל הוא:
השינה היא אחד משישים במיתה.
בתפילת אדון עולם מוזכרת הפקדת הרוח בידי האלוהים בעת השינה:
בידך אפקיד רוחי בעת אישן ואעירה.
על פי תפיסה זו, בעת המוות, הנשמה עוזבת את הגוף ומצטרפת לשכון בזיו השכינה, בהתאם להשגיה הרוחניים בעולם הזה. לעתים, נשמות שחטאו נענשות בהתייסרות על אובדן הגוף ונותרות לזמן כלשהו בחיץ בין העולמות, או בגיהנם (אמונה המקובלת גם בנצרות).
מושג הנשמה התפתח ביהדות וקיבל משמעויות שונות בתקופות שונות. אף על-פי שבדתות של מצרים העתיקה ומסופוטמיה הייתה אמונה במעין נשמה שעוזבת את הגוף עם המוות וממשיכה להתקיים אחריו (כך בספר המתים המצרי, ובחלקים אחדים של עלילות גלגמש), הרי שבתנ''ך אמונה זו כמעט שאינה נזכרת. יוצא דופן הוא המקרה שבו נשמתו של שמואל הנביא הועלתה באוב על ידי בעלת האוב לפי בקשת שאול המלך (שמואל א' פרק כ''ח מפסוק ג').
התנ''ך מציג עמדה שעל-פיה האדם שונה מבעלי החיים, ויש בו מן האלוהות, למשל בספר בראשית: ''וַיִּיצֶר ה' אֱלֹהִים אֶת הָאָדָם עָפָר מִן הָאֲדָמָה וַיִּפַּח בְּאַפָּיו נִשְׁמַת חַיִּים וַיְהִי הָאָדָם לְנֶפֶשׁ חַיָּה.'' (בראשית ב ז)
בתרגום אונקלוס הביטוי ''נפש חיה'' מתורגם ל''רוח ממללא'', כלומר ''רוח מדברת''. גם רש''י מאמץ את הפירוש הזה: '''לנפש חיה', אף בהמה וחיה נקראו נפש חיה, אך זו של אדם, חיה שבכולן, שנתווסף בו דעה ודבור