תא"ל בכר יחליף את גל הירש
בכר קיבל את התפקיד באופן זמני למרות שחלוץ הודיע תחילה על מינויו של תא"ל עימאד פארס
על סבב המינויים של הרמטכ"ל, ועל מינויו של תא"ל פארס בפרט, נמתחה ביקורת קשה, גם בצבא וגם בציבור, ושר הביטחון הקפיא את המינויים עד לתום התחקירים על התנהלות צה"ל במלחמה. ההחלטה על מינויו של פארס גררה ביקורת מסגן הרמטכ"ל משה קפלינסקי, ואלוף פיקוד הצפון, גדי אייזנקוט.
כמו כן, נמתחה עליו ביקורת ציבורית בשל חקירת מצ"ח שהתנהלה נגדו בגין חשד כי תקף שוטרים של משמר הגבול. החקירה הסתיימה והמסקנות מונחות עדיין על שולחנו של הפרקליט הצבאי הראשי.
קצינים בפיקוד הדרום מתחו הערב ביקורת על החלטת הרמטכ"ל ואמרו ל-nrg מעריב כי "זוהי דרך לא מקובלת להרחיק את עימאד פארס ממינויו למפקד אוגדה 91. ברור לכולם שהמינוי שלו, אם בכלל יתבצע, מוטל בספק רב".
על פי הערכות בצה"ל, הסיבה העיקרית לשינוי בסבב המינויים והרחקתו של פארס מאוגדה 91, היא התנגדותו של האלוף אייזנקוט למינוי, שככל הנראה מעדיף בתפקיד קצין אחר. תת-אלוף יוסי בכר אמור לשרת בתפקיד עד קיץ 2007 – פחות משנה.