ביקורת חריפה על הרכבת בדוח מבקר המדינה
"במשך 18 שנה לא עודכנו הנחיות בטיחות למפגשי מסילה-כביש", כך עולה מדוח המבקר על הבטיחות ברכבות. "אין פיקוח על נהגים ולא חוקרים תאונות"
"משרד התחבורה טרם יזם תיקוני חקיקה לשם קביעת סמכותו של המשרד לקיים פיקוח ובקרה על פעילות הרכבת. עניינים חשובים כגון רישוי, אכיפה, פיקוח וחקירת תאונות נותרו ללא פיקוח של משרד התחבורה. למעשה הרכבת עדיין מפקחת על עצמה", נקבע בדו"ח המבקר.
הממשלה החליטה עוד ב-1985 על הקמת ועדת היגוי בין-משרדית למפגשי מסילה-דרך. אולם הועדה לא מילאה את התפקיד שנועד לה - להיות הגוף שיקבע את סדרי העדיפויות בשיפור מפגשי מסילה-דרך. במשך 18 שנות פעולתה לא עדכנה הוועדה את הנחיות הבטיחות למפגשים המסוכנים.
לינדנשטראוס קובע כי הרכבת לא ריכזה מידע בסיסי הנדרש לצורך קבלת החלטות וניהול פיקוח ובקרה על מכשולים במסילה ולא ריכזה נתונים על תנועה, על פעולות תחזוקה ועל התאונות במפגשי מסילה-דרך. מנכ"ל משרד התחבורה מינה ב-1999 ועדה כדי שתמליץ על אמצעים לשיפור הבטיחות במפגשי מסילה-דרך. הוועדה הגישה את המלצותיה לאחר שנתיים וחצי, ביולי 2002. בסוף 2005 לא יושמו עדיין המלצותיה העיקריות.
רק ב-36 מכ-160 מפגשי מסילה-דרך נקבעו הסדרי תנועה ובטיחות שאישר המפקח על התעבורה. אכיפת החוק במפגשי מסילה-דרך לא תוגברה. לא הוקמה מערכת שמתריעה לנהג הרכבת על מפגש חסום. רק בחמישה מ-30 מפגשי מסילה-דרך שעליהם המליץ המכון לחקר התחבורה של הטכניון בוצעה הפרדה מפלסית.

ב-2003 קלטה הרכבת 52 עוזרים לנהגי קטרים בתהליך בלתי-תקין אשר פגע בעקרון שוויון ההזדמנויות. למועמד שנכשל, ניתנה הזדמנות להיבחן פעם נוספת.
עוד מציין הדוח כי הנהלת הרכבת לא בחנה מאז 1995 את הכשירות הרפואית הנדרשת ממועמדים לתפקיד של נהג קטר. כשירותו של אדם לנהוג ברכבת, מן הבחינה הרפואית, לא נתונה לפי החוק להערכתו של המכון הרפואי לבטיחות בדרכים. זאת, בשונה
כ-80% מהנהגים לא נשלחו לבדיקות רפואיות, כנדרש בנוהלי הרכבת. הרכבת איננה עושה לנהגים בדיקות ראייה שנתיות. מבקר המדינה קובע כי האינטרס של שלום הציבור מחייב את הרכבת ומשרד התחבורה ליצור הסדר ראוי מן הבחינה המשפטית לבדיקת נהגי הרכבת בעניין שימוש בסמים מסוכנים ובאלכוהול, "אך הדבר לא נעשה", קובע המבקר.

מבקר המדינה מגלה כי באוגוסט 2002 התברר לרכבת שיש צורך בהקמת מערך פיקוח על הנהגים. יחידת הפיקוח החלה לפעול רק בדצמבר 2004 בחטיבת הנוסעים בלבד. הפיקוח נעשה מבלי שהוגדרו לו קריטריונים, ללא תכנית עבודה מאושרת וללא בקרה על תיקון ליקויים.
באוקטובר 2005 עדיין לא פיקחה החברה על כ-140 נהגי רכבת בחטיבת מטענים. נהגים מסוימים עברו את המהירות המותרת בשיעורים שבין 12% ל-88%, אך למרות זאת דיווחה יחידת הפיקוח כי הם נהגו כשורה.
עבירות בטיחות ברכבת מטופלות כעבירות משמעת. הרכבת הכינה בספטמבר 2004 סולם עונשין חדש המדרג את חומרת עבירות המשמעת ויוצר התאמה בין חומרת העבירות לחומרת העונש, אך לא השתמשה בו עד ספטמבר 2005. באגף משאבי אנוש אין רישום של כל עבירות הבטיחות שעברו נהגים, ואין מעקב אחר נהגים שעברו עבירות רבות.
מבקר המדינה קובע כי המשטרה לא חוקרת באופן יסודי ובלתי-תלוי תאונות אשר בהן מעורבת רכבת: חקירת תאונות רכבת בידי המשטרה נסמכת על פענוח נתונים בידי עובדי הרכבת. בתיקי חקירה היו חסרים מסמכי יסוד.
הרכבת חוקרת תאונות ואירועים אחרים בהליך של בירור פנימי. ההליך נושא אופי של חקירה משטרתית: עדויות המעורבים נכתבות בידי חבר ועדת הבירור ונחתמות בידי העדים. המבקר מציין עוד כי הרכבת לא מגישה תלונה למשטרה כנגד נהג שהתרשל בתפקידו אף אם סיכן את בטיחות הנוסעים או את בטיחותם של אחרים ואפילו גרם לפציעתם או תרם בהתרשלותו לכך.