עם תחילת מתקפת הטרור של חמאס בשמחת תורה אשתקד, חיל הים התמודד עם שתי חזיתות – בדרום עם חדירת המחבלים ליישובי העוטף, גם דרך הים לחוף זיקים, שם אירע טבח שבו נרצחו 19 אזרחים, ובצפון מפני החשש להתערבות חיזבאללה במערכה, כולל הזיהוי של פעילי ארגון הטרור לקדם אמצעי לחימה שונים בהם גם טילי חוף-ים לפני שימוש בהם נגד ישראל והמתקנים האסטרטגיים שלה.
על התנהלות חיל הים באותו היום כבר נכתבו התחקירים, שהוגשו לרמטכ"ל הרצי הלוי. הוא טרם עבר עליהם ואישר או העיר הערות לתיקון, אך בחיל הים כבר הפיקו לקחים מההתנהלות, למדו ואף שינו טקטיקות ואסטרטגיות. בגזרת השינויים המשמעותיים של חיל הים בעקבות המלחמה, הוחלט להרחיב את מערך המילואים שעד כה כמעט ולא היה קיים למעט שייטת 13, וכעת, כדי לאפשר אורך נשימה מילואימניקים ישרתו גם בספינות הטילים ובכלי השיט השונים, יש לציין שלא באופן גורף.
מאז שפרצה המלחמה, כוחות זרוע הים פועלים מסביב לשעון במשימות ההגנה וההתקפה במרחב הימי. ברצועת עזה רוב הכוח הימי של חמאס הושמד או נפגע קשות, אך עדיין יש ניסיונות של ארגון הטרור העזתי לשקם ולהוציא ניסיונות לפיגועים דרך הים. כמעט בכל לילה ספינות טילים שמוצבות מול הרצועה לכל אורכה תוקפות ומחסלות מחבלים. הספינות פועלות בשיתוף פעולה הדוק עם כוחות היבשה, שת"פ שהולך ומשתפר.
בגזרה הצפונית מול חיזבאללה, מתמודדים בחיל הים עם מספר איומים משמעותיים כמו שיגורי כטב"מים, טילי חוף-ים, וגם ניסיונות היחידה הימית להוציא פגיעות בעזרת כלי שיט בלתי מאוישים (כשב"ם) וגם צוללות בלתי מאוישות.
טילי החוף-ים (טח"י) נחשבים לאיום משמעותי מול כלי השיט של חיל הים – הם בעלי טווחים גדולים מאוד, יכולות מיקוד מדויקות, נורים במטחים וכמעט לא מפספסים, וכל מה שצריך הוא רק מספר שניות כדי לשגר טיל כזה מבין הבניינים לכיוון הים. לכן במשך השנים האחרונות פעל מודיעין חיל הים כדי לעקוב ולאתר את מקומות האחסון של תשתיות הטח"י, ובמספר מהלומות במהלך כל המלחמה, ובעיקר לקראת תחילת התמרון בלבנון, הושמדה כמות גדולה של טילים אלו. ב-28 בספטמבר הותקפו מבנים רבים בביירות אשר במרתפיהם אוחסנו עשרות טילי חוף-ים שמגיעים לטווחים של מאות ק"מ. בצה"ל אישרו לאחרונה שפגעו ברוב היכולות האלה של חיזבאללה, אך ארגון הטרור מנסה כל העת להשלים את החוסרים דרך ציר ההברחות הידוע מאיראן.
יחד עם שייטת 13, שביצעה מבצעים מיוחדים לכל אורך המלחמה, גם בעזה וגם בלבנון, אשר מקצתם פורסמו בתקשורת לאחרונה, גם שייטת הצוללות – שייטת 7 – לקחה חלק נכבד במערכה, ולוחמיה היו שותפים באופן מלא ויוצא דופן ביחס לתפקידים והמשימות שביצעה השייטת במלחמות עבר. הצוללות לא נותרו בנמלים ובמספנות שלהן, אלא יצאו ליעדים שונים במרחב, סייעו בתצפיות ובהכוונת אש מזווית נסתרת שאי אפשר לקבל באמצעים אחרים.
בכיר בחיל הים מספר כי אם הדרג המדיני ייתן הנחיה להטלת סגר ימי על לבנון, מחשש להברחת אמצעי לחימה למדינה, ביכולת החיל לעשות זאת, אך בכל מקרה, גם כרגע, ככל שיש זיהוי של הברחת נשק ואמל"ח – הם תוקפים מיידית.
אפשר לספר על כמה תקיפות משמעותיות שהוביל חיל הים, ושנוהלו ממרכז האש של זרוע הים אשר מנהל את מאמץ ההתקפה בשיתוף פעולה הדוק עם פיקוד הצפון, חיל האוויר ואגף המודיעין:
מספר כלי שיט של זרוע הים בהכוונה מודיעינית של שב״כ ומספן מודיעין חיסלו את המחבל סעיד עלאא נאיף עלי, בכיר מהזרוע הצבאית של חמאס בלבנון, אשר הוביל פיגועים נגד יעדים ישראליים ופעל לגיוס פעילים לשורות ארגון הטרור חמאס בלבנון. בתקיפה נוספת בהובלת מודיעין חיל האוויר חוסל המחבל עלי ברכאת, אשר היווה מוקד ידע מרכזי ביחידה האווירית (127) של ארגון הטרור חיזבאללה.
בפעילות נוספת בהובלת מספן מודיעין והמטה של זרוע הים, מטוסי קרב של חיל האוויר תקפו בביירות את הבסיס המרכזי של היחידה הימית של חיזבאללה אשר שימש את היחידה כמוקד פעילות מרכזי בו אוחסנו עשרות כלי שיט של היחידה ובוצעו הדרכות לכוח הימי של הארגון במטרה לפגוע במטרות ימיות ואסטרטגיות במרחב הימי של מדינת ישראל.
