יחידת העמותות ברשות התאגידים שבמשרד המשפטים מחקה בימים האחרונים מפנקס העמותות כ-6,000 עמותות שלא הגישו זמן רב דיווחים על פעילותן. חוק העמותות קובע, כי כל עמותה חייבת להגיש מידי שנה דוח כספי, דוח מילולי, לדווח על חמשת מקבלי השכר הגבוה בעמותה, על תרומה מיישות מדינית זרה ועוד. העמותות שנמחקו לא הגישו דיווחים כמתחייב בחוק. ברשות התאגידים הדגישו כי המחיקה בוצעה לאחר שנשלחו מספר התראות לעמותות ולחברי הועד, ולאחר בדיקה כי אין לעמותות נכסים.
בעקבות ההודעה על הכוונה למחוק את אותן העמותות מהפנקס, אשר פורסמה ברשומות בחודש יולי 2023, כ-500 עמותות הגישו דיווחים לרשמת העמותות. נוכח מלחמת חרבות ברזל המתינה רשות התאגידים עם המחיקה הסופית, ופנתה פעמים נוספות לעמותות, על מנת לוודא שאינן פעילות ולאפשר לעמותות הפעילות להגיש דיווחים כנדרש בחוק ולהימנע ממחיקתן. ביום 18.3.2024 פורסמה בילקוט הפרסומים "הודעה סופית בדבר מחיקה מפנקס העמותות".
לדברי עו"ד שולי אבני-שוהם, ראש רשות התאגידים ורשמת העמותות: "הגשת דיווחים על ידי עמותות הינה חובה מהותית, המאפשרת פיקוח אפקטיבי על עמותות, ומאפשרת לוודא כי כספי תורמים מועברים לקידום מטרות העמותה המאושרות, ואינם משמשים לחלוקת רווחים אסורה או לפעילות אחרת. דיווחי העמותות עומדים לרשות הציבור ללא עלות באתר האינטרנט 'גיידסטאר'. רשות התאגידים שבמשרד המשפטים תמשיך לעמוד על כך שכל עמותה רשומה, תגיש דיווחים כנדרש על פי הדין. מחיקת העמותות שאינן מדווחות על פי חוק מפנקס העמותות, מהווה חלק חשוב ביישום גישה זו לטובת הגברת אמון הציבור בארגונים ללא כוונת רווח".
