מערכת מחילות, תעלות ומנהרות מרשתת את הר הבית לאורכו ולרוחבו. המחילות המדוברות הן מתקופות שונות מאוד זו מזו ונוצרו מסיבות שונות ומשונות. חלקן נועדו לנקז את מי הגשמים אל עשרות בורות ההר. חלקן שימשו בתקופות חורבן כמנהרות מילוט או מסתור, ואחרות לניקוז דם הקרבנות שבעזרה אל מחוץ להר ככתוב במקורות.
מכל מקום, רשת המנהרות המרכזית בהר שתועדה בעיקר בידי חוקרי המאה ה־19 ארמטה פיירוטי, צ'רלס וורן, צ'רלס וילסון, קלוד קונדר, מלכיור דה־ווג, קונרד שיק, ג'יימס טרנר ברקלי ועוד ועוד – נועדה להעביר את מי אמות המים שהגיעו מאזור גוש עציון – ברכות שלמה, הביאר ומעיינות אל־ערוב – אל בורות ההר המרכזיים. מפעל אמות המים מגוש עציון נוסד בידי המלכים החשמונאים, הורחב מאוד בידי הורדוס והיה בשימוש לסירוגין לאורך יותר מאלפיים שנה. האמות סיפקו מים לירושלים ולהר הבית עד ימי המנדט ולמזרח העיר אולי אפילו עד מלחמת ששת הימים. את שרידיהן אפשר לראות היטב, בין השאר ברובע היהודי ולאורך דרך חברון בבירה.
אמות המים הללו נוסדו כאמור במשך ימי בית שני, כשלא היה עוד די בבורות המים שבהר כדי לספק את צורכי המקדש בכלל ואת צרכי עולי הרגל בחגים בפרט. המים זרמו ההרה במערכת מסודרת שנועדה לוודא שכל בורות ההר המרכזיים יתמלאו עד קצה, כך שאיש מפוקדי המקדש לא ייוותר צמא. גם אחרי החורבן המשיכו לשאוב מים מהבורות שהוסיפו להתמלא מכוח האינרציה וסיפקו מים לתושבי העיר. במאה ה־19 ובראשית המאה ה־20 שימשו המים היקרים האלה בעיקר את האוכלוסיה הלא יהודית של העיר, מפני שיהודי ירושלים נרתעו מלהשתמש במים מהר הבית בשל חשש לקדושתם, והעדיפו מים מהשילוח ומביר איוב שבסילוואן – הלא הוא עין רוגל.
