בית המשפט העליון דחה היום (ה') שלוש עתירות בהן התבקש להורות על הקמת ועדת חקירה ממלכתית או ועדת בדיקה ממשלתית בפרשת הצוללות, ולהורות ליועמ"ש מנדלבליט לפתוח בחקירה פלילית נגד ראש הממשלה לשעבר בנימין נתניהו בפרשת המניות. יחד עם זאת, בפרשת הצוללות בית המשפט עמד על שורה של תמיהות להן לא ניתן תשובה, וציין כי התמונה העולה בנוגע לתהליכי קבלת ההחלטות מדאיגה.
"הגם שדחינו את העתירות על כל הצעדים שהתבקשו, אין לכחד, כי שורה של תמיהות הנוגעות לתהליך קבלת ההחלטות בפרשת כלי השיט עדיין מחפשת בחשכת עבים ממעל", נכתב בפסק הדין של השופטים יצחק עמית, ניל הנדל ונועם סולברג. "בפסק הדין עמדנו על כך שראוי כי הדברים יבחנו ויבדקו בדרך שלא תפגע בהליך הפלילי המתנהל בפרשת העמלות (הידועה גם כתיק 3000) ובאינטרסים ביטחוניים של המדינה. אנו תקווה כי כך ייעשה, ועד אז נותיר את הדברים למשפטו של הציבור".
העתירות הבחינו בין שלוש פרשות: פרשת העמלות (תיק 3000) שבמסגרתה כבר הוגש כתב אישום; פרשת המניות שרכש ומכר חבר הכנסת בנימין נתניהו, מבן דודו, נתן מיליקובסקי; ופרשת כלי השיט הכוללת שש תתי-פרשות והן: רכישת הצוללת השישית; רכישת הצוללות השביעית-שמינית-תשיעית; רכישת ספינות המגן; הבקשה לרכישת ספינות הנצ"ל (נגד צוללות); הסכמת ישראל למכירת צוללות למצרים; הניסיון למיקור החוץ (או הפרטה) של תחזוקת כלי השיט.
בפרשת כלי השיט הפריד בית המשפט בין שאלת הסמכות המשפטית להתערב בסוגית ההחלטה על הקמת ועדת חקירה לבין השאלה אם ראוי להקים ועדת חקירה. בית המשפט עמד על כך שמבחינה משפטית ההחלטה על הקמת ועדת חקירה מסורה לממשלה, והתערבותו של בית המשפט בהחלטה זו היא חריגה ונדירה. למעשה, כך צוין, אין תקדים למקרה שבו בית המשפט הורה לממשלה להקים ועדת חקירה.
עם זאת, בית המשפט הצביע על כך שהמשטרה והיועץ המשפטי הביעו דעתם כי נחשפה התנהלות בלתי תקינה ומדאיגה "שאינה עומדת בסטנדרטים ראויים של רשות ציבורית" וכי נחשפו ליקויים המחייבים הפקת תובנות ולקחים בנוגע להליכי הרכש הביטחוני במדינה.
"התמונה הלכאורית המצטיירת בפרשת כלי השיט היא שצה"ל ומשרד הביטחון נדחקו הצידה, ואת מקומם תפס המל"ל, שפעל לכאורה על פי הנחיות ישירות של ראש הממשלה או שמא תוך מעורבות של גורמים אחרים המעורבים בתיק 3000", נכתב בפסק הדין ונשמעה ביקורת נוקבת. "התמונה הלכאורית היא שלא נערכה עבודת מטה מסודרת והתקבלו החלטות שמנוגדות לעמדתם של צה"ל ומשרד הביטחון. בהינתן המשמעות התקציבית האדירה של החלטות אלה על תקציב המדינה ובעיקר על תקציב הביטחון ועל ההצטיידות של צה"ל לאורך שנים רבות, דומה שכל מי שביטחון ישראל קרוב לליבו יבקש לבדוק ביסודיות את תהליך קבלת ההחלטות בפרשת כלי השיט, על מנת להפיק לקחים ומסקנות באופן צופה פני עתיד".
בפסק הדין הודגש כי אף שוועדת חקירה יכולה להתאים לבירור ולבחינה של הדברים ולטיהור הספקות, וכי במישור הציבורי בחינת תהליכי קבלת ההחלטות במקרה דנן היא צעד המתיישב עם ביטחון המדינה – בית המשפט אינו יכול לספק פתרון לכל מכאוב ולכל קושיה והדברים ראויים לליבון במישור הציבורי. נושא הקמת ועדת החקירה הממלכתית, כך נקבע – עניין הוא לממשלה לענות בו; לא לבית המשפט.
בכל הנוגע להחלטת היועץ המשפטי לממשלה שלא להורות על פתיחה בחקירה פלילית כנגד בנימין נתניהו, בין היתר, ב"פרשת המניות", נקבע כי לא מדובר באחד מאותם מקרים חריגים ונדירים המצדיקים להתערב בהחלטת היועץ המשפטי לממשלה שלא לפתוח בחקירה פלילית.
התנועה לאיכות השלטון, אחת העותרות מסרה בתגובה להחלטה כי ״בפסק דין ארוך ומנומק בית המשפט עומד על שרשרת הכשלים המחייבים בחינה ציבורית בכל הליך רכש כלי השיט. בכך, מחזק בית המשפט את עמדת היועמ"ש והמשטרה לפיה הנושאים מחייבים בחינה ציבורית רחבת היקף. העתירה אמנם נדחתה אך בית המשפט מתח ביקורת חריפה על הליכי קבלת ההחלטות וקבע באופן מפורש כי הדיון הציבורי בנושא לא נשלם. התנועה לאיכות השלטון קוראת לראש הממשלה והשרים – זה הזמן לפזר את העננה העכורה מעל פרשה זו, זה הזמן להקמת ועדת חקירה ממלכתית שתשים קץ לשאלות שמטרידות גם את בית המשפט״.
