בהתיישבות חוששים מהאפשרות שמשרד הביטחון, על סמכויותיו הרבות בענייני יו"ש, יועבר לידי כחול לבן אם תוקם ממשלת אחדות – ושהתוצאה תהיה הקפאת בנייה. בכירים ביו"ש שיגרו בימים האחרונים לראש הממשלה שתי פניות הדורשות כי במו"מ הקואליציוני תהיה התייחסות לנושא.
יו"ר מועצת יש"ע דוד אלחיאני שלח בערב שביעי של פסח מכתב לראש הממשלה בנימין נתניהו ולשר יריב לוין, המנהל את המגעים הקואליציוניים. פנייה נוספת נעשתה מצד יו"ר מועצת שומרון יוסי דגן. במכתב הראשון ביקשו ביש"ע לוודא כי מת"ע, מועצת התכנון העליונה, תמשיך להתכנס כסדרה ולאשר תוכניות בנייה, כולל הקמת תשתיות כמו כבישים, מערכות חשמל ומים; שמדיניות הממשלה בנושא הסדרת המאחזים תמשיך להתקדם ולאשר את מקומות היישוב; ושהאכיפה נגד הבנייה הפלסטינית הבלתי חוקית בשטחי C וההשפעה על תשובות המדינה לבג"ץ בסוגיות ההתיישבות יישארו בידי ראש הממשלה, או יועברו לידי גורם אוהד להתיישבות בליכוד או בימינה.

ביש"ע תולים את ה"זכות" להגשת הבקשות הללו בכך שהם היו שותפים מרכזיים בהצלחה לקרֵב בין הצדדים לכדי משא ומתן על ממשלת אחדות. הכוונה היא לשיחות שערכו בכירי התיישבות עם ח"כ גבי אשכנזי מכחול לבן, וגם, לדברי גורמים שם, לשיחות עם יו"ר המפלגה גנץ.
בימין מבינים שגם אם ההחלטות בעניין ההתיישבות יישארו בידי נתניהו, יש חשיבות לזהות האדם שיחלוש על משרד הביטחון. אם השר יהיה אדם שאין לו עניין לקדם אותן, הרי שהליכים שהחלו כבר – דוגמת חיבור היישובים הצעירים לרשת החשמל – עלולים "להיתקע" על שולחנו לאורך זמן ולמרבה התסכול.
במכתב ששלח אתמול לראש הממשלה כתב יו"ר מועצת שומרון: "לא נסכים לממשלה שתאפשר הקפאת בנייה בפועל והפקרת שטח C". במכתב, שבמועצת שומרון מגדירים "חריף", קורא דגן לנתניהו לא לוותר בפועל על הבנייה בהתיישבות, ולהשאיר את השליטה בנושא בידי הליכוד.
"מנגנון המוציא מידי הליכוד ומידי ראש הממשלה את השליטה בנושאי הבנייה ביו"ש, תשתיות ההתיישבות הצעירה ואכיפת הבנייה הבלתי חוקית של הרשות הפלסטינית, יביא בפועל להקפאת בנייה ולחיזוקה של 'מדינה פלסטינית' בשטחי המולדת. אתם נקראים כאן לגלות אחריות ולהבטיח שהנושא יוסדר מראש בקווי היסוד של הממשלה, או לחלופין שימונה שר מטעם הימין לנושאים אלו. לא נקבל ממשלה שתדבר על החלת ריבונות ביד אחת, וביד השנייה תבצע הקפאת בנייה והקמת מדינה 'פלסטינית'".
על שני המכתבים לא התקבלה בינתיים תשובה, וראשי רשויות ביו"ש הודו כי הם "לא רגועים" לגבי הנושאים שפורטו בהם. אפשרות אחת שעלתה בכל זאת, אך עד כה לא סוכמה, היא מינויו של סגן שר הביטחון מטעם הליכוד, שבידיו יופקד הטיפול בנושאי ההתיישבות.
גורמים המקורבים למו"מ הקואליציוני אומרים כי אם תוחל ריבונות, ממילא חלק ניכר מהמאחזים ייכנסו לשטח הריבוני ושאלת ההסדרה תיפתר, ומעבר לכך – השליטה בשטח תצא מידיו של משרד הביטחון ותהפוך לאזרחית. ריבונות, משוכנעים שם, אפשר להשיג, שכן בכחול לבן ויתרו על הדרישה להסכמה בינלאומית, ועבודת המיפוי המפורטת עומדת לקראת סיום.
לדברי הגורמים, אנשי יש"ע הפעילו לחץ על ראש הממשלה לוותר בנושא הוועדה לבחירת שופטים כדי להתקדם עם הקמת הממשלה והחלת הריבונות.