הכנרת העולה על גדותיה לא תאפשר ליהנות מזרם מים חיים בהיקף שהיה בעבר, בגלל שינוי התהליך שמכשיר אותם לשתייה. שיטת החיטוי הנוכחית, באמצעות כלור, תיצור במים שיזרמו במוביל הארצי חומרים אורגניים מומסים המכונים טריהלומתנים. החומרים הללו עלולים להזיק להתפתחות מערכת העצבים ולמערכת הרבייה, ולהגביר את התחלואה בסרטן. אם תורחב השאיבה, היווצרות הטריאלומתנים תעבור את הסף ותגיע לריכוזים גבוהים שאינם מאושרים לשתייה בנקודות קצה.
תוכנית חירום שהכינה מקורות בשבועיים האחרונים תנסה למצוא פתרון לבעיה, בין השאר באמצעות אוורור המים במהלך הזרימה. עלות התוכנית נאמדת בכ־15 מיליון שקלים, ולדברי גורמים במשק המים יש ליישם אותה בשבועיים הקרובים, אחרת לא תתאפשר הרחבת השאיבה מהאגם למוביל הארצי.
הסינון והחיטוי של המים הנשאבים מהכנרת נערכים ב"אתר אשכול". בתהליך החיטוי נוספים למים חומרים ובהם כלור, ובעקבות ההוספה הזאת נוצרים חומרי הלוואי המסוכנים במהלך הזרימה במוביל. בתקנות חדשות שנקבעו בסוף 2013, כשהחלו לצמצם את השאיבה מהכנרת בשל המפלס הנמוך, נקבע כי ריכוז הטריהלומתנים המותר במי השתייה עומד על 100 מיקרוגרם לליטר. החומר האורגני מתפתח בחודשים החמים, ממאי ועד תחילת החורף, והחשש הוא שקווי האספקה מהמוביל הארצי יהפכו בסיס לייצור מוגבר של החומר המסרטן.
מנהל רשות המים גיורא שחם אמר לנו שהורה למקורות לא לשאוב מהכנרת יותר מ־110 מיליון קוב מים בשנה. "יש לנו מגבלת שאיבה מהכנרת. אנחנו לא יכולים לשאוב אפילו 200 מיליון קוב", הסביר שחם, מחשש שהשאיבה המוגברת תאיץ את יצירת החומר המסוכן. עד 2014 סיפקה הכנרת בשיאה יותר מ־300 מיליון קוב מים בשנה למערכת המוביל הארצי. בשנה שעברה הסתכמה השאיבה השנתית בכ־30 מיליון קוב בלבד. במקורות אומרים כי "לנוכח העלייה הניכרת במפלס גובשה תוכנית להגברת השאיבה, בעמידה בתקנות לאיכות המים. אם תאושר, מקורות תצא לביצוע מיידי". כאמור, ייתכן שהשאיבה תישאר נמוכה אם לא ימומשו תוכניות האוורור במוביל הארצי.
לדעת שחם, יש לציין, כלל אין לחתור לשאיבה רבה יותר, אלא יש לרכוש כמות מספקת של מי ים מומתקים ממפעלי ההתפלה הפזורים לאורך חוף הים התיכון. יצוין כי עלות המים המומתקים גבוהה לאין ערוך מזו של המים מהכנרת, וכי המים העודפים מהכנרת עלולים להתבזבז עם פתיחתו האפשרית של סכר דגניה בעונת החורף הזאת או בחורף הבא. עם זאת, גורמים במשק המים מסבירים כי פתיחת הסכר עלולה לפגוע בניקוז המים לאורך תוואי נהר הירדן, שכבר שנים לא ראה כמות מבורכת כזו של מים.
לדבריהם, בניגוד לדעה הרווחת, אין בפתיחת הסכר כדי להשפיע על מפלס ים המלח, שכן רק מעט ממי הכנרת יצליחו להגיע עד שם. חשש נוסף הוא שלנוכח הבצורות הקשות שצפויות לפקוד את ישראל, פתיחת הסכר עלולה לגרום לתחושה ציבורית שמותר לבזבז מים.
