במסגרת העיסוק בנחלות בני ישראל, נצטוו ישראל להקצות שש ערי מקלט לרוצחים בשוגג – שלוש בעבר הירדן המערבי ושלוש בעברו המזרחי. פיזורן של שש ערי המקלט נועד לאפשר מרחק סביר של בריחה של הרוצח לעיר המקלט מכל מקום שיהיה בארץ, כפי שנאמר בדברים יט, ג: "תָּכִין לְךָ הַדֶּרֶךְ וְשִׁלַּשְׁתָּ אֶת גְּבוּל אַרְצְךָ אֲשֶׁר יַנְחִילְךָ ה' אֱ־לוֹהֶיךָ וְהָיָה לָנוּס שָׁמָּה כָּל רֹצֵחַ".
שלושה טעמים עולים בפרשה זו לדין ערי מקלט. הטעם הברור ביותר הוא הגנה מפני גואל הדם. ההורג בשוגג אינו ראוי לדין עונש מוות, ולכן התורה ציוותה על הקמת ערי מקלט כהצלה מפני גואלי הדם, שיבקשו להתנקם במי שפגע בקרובם. עיר המקלט אינה מצילה מפני הרוצח במזיד, וחלקה הגדול של הפרשה מוקדש לדוגמאות המבחינות בין רוצח בשגגה לרוצח במזיד.

עיר המקלט מגינה על הרוצח בשגגה רק אם לא יצא מן העיר. אם יצא מן העיר וגואלי הדם הרגו אותו אין להם אשמה:
וְאִם יָצֹא יֵצֵא הָרֹצֵחַ אֶת גְּבוּל עִיר מִקְלָטוֹ אֲשֶׁר יָנוּס שָׁמָּה. וּמָצָא אֹתוֹ גֹּאֵל הַדָּם מִחוּץ לִגְבוּל עִיר מִקְלָטוֹ וְרָצַח גֹּאֵל הַדָּם אֶת הָרֹצֵחַ אֵין לוֹ דָּם. כִּי בְעִיר מִקְלָטוֹ יֵשֵׁב עַד מוֹת הַכֹּהֵן הַגָּדֹל וְאַחֲרֵי מוֹת הַכֹּהֵן הַגָּדֹל יָשׁוּב הָרֹצֵחַ אֶל אֶרֶץ אֲחֻזָּתוֹ.
דין זה מלמד שעיר המקלט אינה משמשת הגנה בלבד על הרוצח אלא גם ענישה. אף כי לא ניתן להטיל אשמת זדון על הרוצח בשגגה, אין התורה פוטרת אותו מכל עונש. הישיבה בעיר המקלט אינה זכות עבור הרוצח בשגגה בלבד, אלא גם חובה, בתורת עונש. על כן נקצב זמן הישיבה שלו בעיר המקלט לא רק עד חלוף הסכנה מגואל הדם אלא עד מות הכהן הגדול.
מרכיב של כפרה
אבל מדוע עד מות הכהן הגדול? הרי זהו זמן לא קבוע, ויכול להיות שרוצח ישב בעיר המקלט זמן רב או מועט. תשובה לשאלה זו מצויה בספרי (מסעי פיסקא קס):
ר' מאיר אומר: רוצח מקצר ימיו של אדם וכהן גדול מאריך ימיו של אדם, [אין בדין שיהא מי שמקצר ימיו של אדם לפני מי שמאריך ימיו של אדם]. רבי אומר: רוצח מטמא את הארץ ומסלק את השכינה וכהן גדול גורם לשכינה שתשרה על האדם בארץ, אין בדין שיהא מי שמטמא את הארץ [ומסלק את השכינה] לפני מי שגורם להשרות את השכינה על אדם בארץ.
לדעת רבי מאיר ההיגיון של השארת הרוצח בשוגג עד מות הכהן הגדול הוא שהרוצח קיצר ימיו של אדם, והכהן הגדול באמצעות כפרתו על האדם מאריך ימיו של אדם. לכן ראוי שהרוצח ישב בעיר מקלט עד מותו של הכהן הגדול. עניין הכפרה עולה גם בפירושיהם של רש"י ובראב"ע (על ויקרא טז, כא). תקופת הכפרה היא עד מותו של הכהן הגדול משום שהכהן הגדול הוא אחראי על הכפרה של ישראל.
נמצא שביסוד דין עיר מקלט יש שלושה מרכיבים שונים:
1. עיר המקלט מגינה על הרוצח בשגגה מפני גואל הדם.
2. חובתו של הרוצח בשוגג להישאר בעיר מקלט משום שיש בכך גם ממד של עונש.
3. החובה להישאר עד מות הכהן הגדול כמצביעה על יסוד הכפרה שיש בשהותו של הרוצח בשגגה בעיר המקלט.
העובדה שפרשת דיני רוצח וערי מקלט באה בסוף ספר במדבר, לפני כיבוש הארץ, היא מרתקת. לפני המלחמה בא משה ומטמיע בעם את הרגישות להרג, ואת ההבחנה בין רוצח במזיד לרוצח בשוגג. הוא מדגים לעם שעל אף שרוצח בשוגג אינו אשם, עדיין רובצים עליו חובת עונש וצורך בכפרה. אין הכוונה שההרג במלחמה נכנס תחת הקטגוריות האלה, אולם יש כאן חדירה לנפשו של אדם והכוונה לעוסקים במלחמה שלא יאבדו את רגישותם לחיי אדם.
משה הוא רק השליח
ספר במדבר מסתיים בפסוק:
אֵלֶּה הַמִּצְוֹת וְהַמִּשְׁפָּטִים אֲשֶׁר צִוָּה ה' בְּיַד מֹשֶׁה אֶל בְּנֵי יִשְׂרָאֵל בְּעַרְבֹת מוֹאָב עַל יַרְדֵּן יְרֵחוֹ.
פסוק זה משמש חתימה לכל המצוות שנאמרו בערבות מואב, ושמפוזרות בחלקו האחרון של הספר, החל מפרק כב. אך סיכום זה של המצוות בערבות מואב עשוי להיראות מוזר, שכן כל אשר יאמר משה לעם בספר דברים, ובכלל זה עוד עשרות רבות של מצוות, יהיה באותו מקום, בערבות מואב. מה טיבה אפוא של חתימה זו?
דומה שהתורה מבקשת לחדד כאן מסר על אודות דמותו הייחודית של משה. לפני מותו, משה יעמוד לפני העם ויישא בפניהם שלושה נאומים ארוכים. הוא יציג הנחיות מעשיות לעם, את שיש להיזהר ממנו בחיים בארץ, ויפרוש בפניהם מצוות רבות. בספר דברים שוב תעלה במלוא עוצמתה דמותו הייחודית של משה כמנהיג של העם שאין שני לו. אך לפני כל זאת, כאן, בסופו של סיפור המדבר, מבקשת התורה לסכם ולהדגיש את מה שהודגש מספר פעמים בפרשות האחרונות: שהמצוות שנזכרו הן ציוויים של ה' אשר עברו "ביד משה".
רגע לפני כניסת העם לארץ והמעבר לחיים רגילים, אך גם מורכבים מבחינת ההתמודדויות הביטחוניות, הפוליטיות והדתיות, העם צריך לדעת שעל אף גדולתו של משה, ומרכזיותו בקשר עם ה', המצוות הן מה'. משה הוא השליח, והעם ימשיך באמצעות שליח אחר שיבוא במקומו. "ביד משה".